检索结果-内蒙古大学图书馆

高等学校化学学报 2009年第8期30卷 1641-1644页

作者：王嵩赵熹郑清川黄旭日孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂,是一种含有39个氨基酸残基的多肽,其第13号氨基酸Gln突变为Tyr,使活性增强.应用分子动力学模拟方法,分别优化了突变前后,Exendin-4与蛋白的复合物结构,并对整体结构的性质、静电势、相... 详细信息

Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂,是一种含有39个氨基酸残基的多肽,其第13号氨基酸Gln突变为Tyr,使活性增强.应用分子动力学模拟方法,分别优化了突变前后,Exendin-4与蛋白的复合物结构,并对整体结构的性质、静电势、相互作用模式及能量进行了分析.阐明了Gln突变为Tyr的活性增强的内在原因,结果表明,突变的Exendin-4能够通过改变自身结构的局部柔性调整与蛋白受体相互作用,从而可以改善Exendin-4与其蛋白受体的结合能力.

关键词： Exendin-4 分子动力学模拟复合物静电作用

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顶盖驱动流中胶束形态变化的耗散粒子动力学研究

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高等学校化学学报 2009年第9期30卷 1784-1788页

作者：尤莉艳赵英王帅吕中元吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用耗散粒子动力学模拟方法研究了顶盖驱动方腔流条件下,线性两嵌段共聚物胶束形态的变化.结果表明弱的流场对胶束的形态影响不大,但是在中等强度流场的作用下,小胶束会融合并形成条状胶束,而在很强的流场作用下,胶束会被破坏而形成体... 详细信息

利用耗散粒子动力学模拟方法研究了顶盖驱动方腔流条件下,线性两嵌段共聚物胶束形态的变化.结果表明弱的流场对胶束的形态影响不大,但是在中等强度流场的作用下,小胶束会融合并形成条状胶束,而在很强的流场作用下,胶束会被破坏而形成体积更小的球状胶束.

关键词：顶盖驱动流嵌段共聚物胶束耗散粒子动力学

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高分子在受限稀溶液中的结构和动力学性质

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高等学校化学学报 2009年第1期30卷 191-195页

作者：何彦东尤莉艳王晓琳吕中元李泽生吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

利用平衡态及非平衡态耗散粒子动力学模拟方法,分别研究了平衡态和流场作用下受限高分子在稀溶液中的链结构和动力学.采用没有滑移和密度涨落的边界条件模拟纳米管道环境,进而研究了高分子回转半径和扩散系数对受限强度及高分子与溶剂... 详细信息

利用平衡态及非平衡态耗散粒子动力学模拟方法,分别研究了平衡态和流场作用下受限高分子在稀溶液中的链结构和动力学.采用没有滑移和密度涨落的边界条件模拟纳米管道环境,进而研究了高分子回转半径和扩散系数对受限强度及高分子与溶剂间相互作用的依赖关系.在非平衡态模拟中,分别考虑了Poi-seuille和Couette两种流场.研究发现,在这两种流场作用下,高分子都随着溶剂与高分子排斥作用的降低而向管道中心迁移.在强流场下,在Poiseuille流场中高分子密度呈现出双峰分布,而在Couette流场中则呈现为单峰分布.

关键词：耗散粒子动力学受限高分子稀溶液 Poiseuille流场 Couette流场

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P123(PEO20-PPO70-PEO20)嵌段共聚物水溶液物理凝胶化行为的耗散粒子动力学模拟

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高等学校化学学报 2009年第12期30卷 2455-2459页

作者：赵英谢宇吕中元孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用耗散粒子动力学（Dissipative particle dynamics, DPD）方法研究了P123（PEO20-PPO70-PEO20）嵌段共聚物水溶液常温下的物理凝胶化行为. 在体积分数（2%~10%）较低时, P123在水溶液中形成球形胶束. 当P123的水溶液体积分数升高到20... 详细信息

采用耗散粒子动力学（Dissipative particle dynamics, DPD）方法研究了P123（PEO20-PPO70-PEO20）嵌段共聚物水溶液常温下的物理凝胶化行为. 在体积分数（2%~10%）较低时, P123在水溶液中形成球形胶束. 当P123的水溶液体积分数升高到20%时, 会形成柱状胶束. 在P123的水溶液体积分数为30%和40%时, 观察到具有三维网络结构的凝胶. 这些模拟结果不仅与实验结果一致, 而且证明了耗散粒子动力学方法是一种非常适合研究物理凝胶化行为的重要方法. 另外, 在P123的水溶液体积分数为40%时, 研究了凝胶随着时间发展的形成过程.

关键词： P123(PEO20-PPO70-PEO20)嵌段共聚物物理凝胶耗散粒子动力学模拟

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卤代氰基卡宾自由基XCCN(X=F，Cl，Br)的理论研究

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高等学校化学学报 2009年第9期30卷 1839-1843页

作者：赵增霞侯春园张红星孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在Cs对称性和ANO-S基组下,使用全活化空间自洽场方法(CASSCF),研究了卤代氰基卡宾自由基及其阴离子的低能电子激发态性质.为了进一步考虑电子的动态相关效应,采用多组态二级微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值.计算结果表明,XCCN的... 详细信息

在Cs对称性和ANO-S基组下,使用全活化空间自洽场方法(CASSCF),研究了卤代氰基卡宾自由基及其阴离子的低能电子激发态性质.为了进一步考虑电子的动态相关效应,采用多组态二级微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值.计算结果表明,XCCN的基态是三重态.单重态和三重态的能隙差ΔES-T(kJ/mol):7.4(FCCN)<13.4(ClCCN)<16.6(BrCCN).计算得到,XCCN(X=F,Cl,Br)最低垂直激发能分别为408.3,385.4和345.2kJ/mol,这归因于π(a′)→nxy的电子跃迁;XCCN的电子亲和势分别为235.7,233.0和237.2kJ/mol,与HCCN相比,其电子亲和势变大.

关键词：卤代氰基卡宾多组态自洽场理论多组态二级微扰理论单重态三重态

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基质金属蛋白酶的新型抑制剂效能的理论研究

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高等学校化学学报 2009年第8期30卷 1592-1595页

作者：李岱霖郑清川张红星姬海涛杨金刚房学迅吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 吉林大学理论化学研究所分子酶学工程教育部重点实验室长春130023

采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮... 详细信息

采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮对MMP-7有更好的效能,这与实验测得的活性顺序相符.另外,密度泛函理论的计算结果表明,此类抑制剂能够通过ZBG以单配位的形式与MMPs的Zn2+相互作用.理论计算的结果可能有助于抑制剂的设计及其效能的改善.

关键词：基质金属蛋白酶分子对接密度泛函理论焦性没食子酸杨梅黄酮

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分子模拟研究烯二炔环发色团分子从新制癌菌素的释放机理

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化学学报 2009年第16期67卷 1835-1838页

作者：赵熹王嵩徐晓华黄旭日吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061 吉林大学中日联谊医院感染科长春130041

烯二炔环发色团分子(Enediynering chromophore)虽然对DNA具有较好的切割性,但由于它缺乏稳定性,必须与蛋白结合形成非共价化合物(即新制癌菌素:Neocarzinostatin)才能进入细胞发挥生理作用.作为一种已在临床上应用的抗肿瘤药物,烯二炔... 详细信息

烯二炔环发色团分子(Enediynering chromophore)虽然对DNA具有较好的切割性,但由于它缺乏稳定性,必须与蛋白结合形成非共价化合物(即新制癌菌素:Neocarzinostatin)才能进入细胞发挥生理作用.作为一种已在临床上应用的抗肿瘤药物,烯二炔环发色团分子从结合蛋白释放到细胞过程仍然是不清楚的.以新制癌菌素复合物和对应的结合蛋白的X射线衍射结构作为研究对象,运用分子动力学的模拟和拉伸动力学方法研究烯二炔环发色团分子从结合蛋白中释放的机理.模拟结果表明从萘酸基方向释放可能是烯二炔环发色团分子最佳的释放路径.

关键词：新制癌菌素烯二炔环发色团分子分子动力学

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[M(N)X2]-(M=Ru，Os；X=S2C6H4，mnt)的电子结构和光谱性质的理论研究

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高等学校化学学报 2009年第11期30卷 2284-2287页

作者：李明霞周欣张红星付宏刚孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 黑龙江大学功能无机材料化学省部共建重点实验室哈尔滨150080

利用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法优化了氮化钌和氮化锇配合物[M(N)X2]-[M=Ru,Os;X=S2C6H4,mnt(maleonitriledithiolate)]的基态几何结构,得到的几何参数与实验结果吻合得很好.采用TD-DFT方法,得到了配合物在CH3CN溶液中的激发态电... 详细信息

利用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法优化了氮化钌和氮化锇配合物[M(N)X2]-[M=Ru,Os;X=S2C6H4,mnt(maleonitriledithiolate)]的基态几何结构,得到的几何参数与实验结果吻合得很好.采用TD-DFT方法,得到了配合物在CH3CN溶液中的激发态电子结构和电子吸收光谱.利用SCRF方法中的CPCM模型来模拟溶剂化效应.研究结果表明,配合物1~4在CH3CN溶液中的吸收跃迁性质相似,低能吸收均被指认为LMCT和LLCT的混合跃迁,高能吸收均被指认为ILCT/LLCT跃迁.

关键词：氮化钌配合物氮化锇配合物吸收光谱密度泛函理论含时密度泛函理论

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恢复蛋白EF-hand与钙离子去耦合作用的拉伸分子动力学模拟

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化学学报 2009年第14期67卷 1597-1602页

作者：李吉来耿彩云步宇翔张亮张来斌黄旭日孙家锺山东大学化学与化工学院胶体与界面化学教育部重点实验室济南250100 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

恢复蛋白Recoverin是一重要的神经钙传感蛋白.为澄清EF-hand与Ca2+耦合/去耦合作用机制,采用拉伸分子动力学(SMD)方法对其进行了一系列等外力和等速度的非平衡分子动力学模拟.研究结果表明EF-2和EF-3loop区氨基酸螯合Ca2+能力大小顺序... 详细信息

恢复蛋白Recoverin是一重要的神经钙传感蛋白.为澄清EF-hand与Ca2+耦合/去耦合作用机制,采用拉伸分子动力学(SMD)方法对其进行了一系列等外力和等速度的非平衡分子动力学模拟.研究结果表明EF-2和EF-3loop区氨基酸螯合Ca2+能力大小顺序分别为Asn-76理论模拟和试验结果我们推测Ca2+离子诱导恢复蛋白的构象转变是一个两步过程.在该细胞信号Ca2+离子与恢复蛋白耦合过程中,EF-3和Ca2+耦合作用触发恢复蛋白构象转变,而EF-2和Ca2+的耦合作用起续航作用,促使变构过程完成.

关键词：恢复蛋白变构过程信号传导去耦合作用拉伸分子动力学 Ca^2+/豆蔻酰基开关

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类硅烯H2C=SiLiBr与RH(R=F，OH，NH2)的插入反应

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化学学报 2009年第8期67卷 756-760页

作者：李文佐程建波宫宝安于健康孙家钟烟台大学化学生物理工学院烟台264005 吉林大学理论化学计算国家重点实验室长春130012

采用DFTB3LYP和QCISD方法研究了类硅烯H2C=SiLiBr与RH(R=F,OH,NH2)的插入反应.在B3LYP/6-311+G(d,p)水平上优化了反应势能面上的驻点构型.结果表明,H2C=SiLiBr与HF,H2O或NH3发生插入反应的机理相同.QCISD/6-311++G(d,p)//B3LYP/6-311+G(d,p)计算的三个反应的势垒分别为148.62,164.42和165.07kJ·mol-1,反应热分别为-69.63,-43.02和-28.27kJ·mol-1.相同条件下发生插入反应时,反应活性都是H—F>H—OH>H—NH2.

关键词：类硅烯H2C=SiLiBr RH(R=F,OH,NH2) 插入反应 DFT QCISD

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