检索结果-内蒙古大学图书馆

中国卫生统计 2024年第1期41卷 45-48,52页

作者：田伟严光灿张秋菊刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的利用增强子RNA调控的化疗相关基因对结直肠癌患者进行分型,为精准医疗提供依据。方法通过TCGA、 GEO数据库获取结直肠癌患者基因表达数据,筛选增强子调控的化疗相关基因,利用非负矩阵分解方法进行直肠癌患者分型,并在独立数据集... 详细信息

目的利用增强子RNA调控的化疗相关基因对结直肠癌患者进行分型,为精准医疗提供依据。方法通过TCGA、 GEO数据库获取结直肠癌患者基因表达数据,筛选增强子调控的化疗相关基因,利用非负矩阵分解方法进行直肠癌患者分型,并在独立数据集中验证分型结果的稳定性。通过生存分析、 GSVA、 SubMap方法,比较各亚型患者在生存结局、代谢通路活性、免疫浸润细胞浸润等方面的差异。收集结直肠癌新辅助化疗患者血浆,检测血浆蛋白表达量,分析增强子RNA(eRNA)调控基因与结果化疗敏感性的相关性。结果本研究收集了581人的TCGA基因表达数据,筛选50个eRNA调控的化疗相关基因,通过非负矩阵分解获得三个结直肠癌亚型:eRNA1、 eRNA2、 eRNA3, GEO验证集的分型结果与TCGA基因表达数据一致,均分为3个亚型。生存分析、代谢通路分析、免疫浸润分析提示:eRNA2,生存结局最差、 32个代谢相关通路异常激活、免疫浸润程度明显偏低。在蛋白水平上,eRNA调控基因与化疗敏感性存在关联性。结论在缺乏有效结直肠癌临床分型的前提下,本研究通过eRNA调控的化疗相关靶基因可以进行结直肠癌稳定有效的分型;各亚型在生存结局、免疫细胞浸润、代谢相关通路研究中的差异,可为临床个体化治疗提供指导,并为相关机制研究指供线索。

关键词：结直肠癌增强子RNA 化疗代谢通路

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变异系数加权组合赋权模型的乳腺癌治疗质量维度融合及评价

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中国卫生统计 2023年第5期40卷 646-650页

作者：安宁栗景坤刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计教研室 150081

目的基于两参数项目反应模型计算乳腺癌各维度治疗质量,利用变异系数加权组合赋权模型进行维度赋权,加权计算乳腺癌维度融合的综合治疗质量,为改善治疗质量提供依据。方法选择不同维度乳腺癌治疗质量的评价指标,收集医院乳腺癌患者的病... 详细信息

目的基于两参数项目反应模型计算乳腺癌各维度治疗质量,利用变异系数加权组合赋权模型进行维度赋权,加权计算乳腺癌维度融合的综合治疗质量,为改善治疗质量提供依据。方法选择不同维度乳腺癌治疗质量的评价指标,收集医院乳腺癌患者的病历数据,利用两参数logistic项目反应模型计算各维度治疗质量;利用序关系分析法(garbage-first,G1法)计算主观权重、余弦夹角法计算客观权重、将主客观权重纳入变异系数加权组合赋权模型获得组合权重;加权计算维度融合后的综合治疗质量并进行评价。结果选择三个维度的9个乳腺癌治疗质量评价指标,三个维度分别为功能评价、治疗方法及术前检查,收集9家医院3669例患者的完整病历信息。计算获得医院的各维度治疗质量:功能评价维度最高得分为1.0317,治疗方法维度最高得分为0.9232,术前检查维度最高得分为1.2001。G1法算得三个维度的主观权重分别为0.5364、0.2980和0.1656;余弦夹角法算得客观权重分别为:0.5220、0.3554和0.5868。利用变异系数加权组合赋权模型获得各维度组合权重:第9家医院的功能评价维度最大组合权重为0.5293,第5家医院的治疗方法维度最大组合权重为0.3209,第1家医院的术前检查维度最大组合权重为0.3857。加权计算融合后的综合治疗质量:排名前三的医院分别为第1家,第7家和第9家医院,综合得分分别为1.04220,1.0371和1.0157。结论研究提示组合权重法能在主客观权重出现极值时获得更稳定的权重,使融合后的治疗质量排名更合理;功能评价维度对综合治疗质量的影响较大,提高功能评价维度的使用率有利于改善乳腺癌的治疗质量。

关键词：治疗质量评价项目反应模型维度融合

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基于生物信息学分析胃癌双微体中增强子的调控机制

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遗传 2025年第5期47卷 558-572页

作者：安梦婷郭冠麟吴杰孙文靖贾学渊哈尔滨医科大学基础医学院医学遗传学教研室哈尔滨150081 中国遗传资源保护与疾病防控教育部重点实验室(哈尔滨医科大学) 哈尔滨150081

胃癌(gastric cancer,GC)在全球范围内的发病率和死亡率均居高位。双微体(double minutes,DMs)是一种染色体外的环状染色体,常携带有癌基因或耐药基因,其与肿瘤发生及耐药性密切相关。为深入探索双微体在胃癌发展中的作用及调控机制,本... 详细信息

胃癌(gastric cancer,GC)在全球范围内的发病率和死亡率均居高位。双微体(double minutes,DMs)是一种染色体外的环状染色体,常携带有癌基因或耐药基因,其与肿瘤发生及耐药性密切相关。为深入探索双微体在胃癌发展中的作用及调控机制,本研究利用生物信息学方法通过分析CCLE细胞系数据库和TCGA实体瘤数据库中的基因组拷贝数变异数据,总结含双微体肿瘤样本的基因组特征,依此特征对胃癌样本进行分类。接着使用FANTOM5数据库、R包“GenomicRanges”、Bedtools工具以及MEME SUITE分析胃癌双微体上增强子及其调控的靶基因的功能。然后利用CIBERSORT包和GDSC药物数据库对TCGA中含和不含的胃癌样本进行免疫细胞浸润分析和耐药分析。研究显示,胃癌中的双微体基因组特征包括一类拷贝数超过10且长度≥50kb的基因组片段。双微体增强子的调控作用影响了耐药性和肿瘤免疫,其中增强子-转录因子-靶基因的调控回路扰动也与肿瘤免疫相关。进一步分析发现,双微体增强子调控的靶基因不仅导致了免疫相关基因表达的改变,还使得胃癌样本对常见化疗药物展现出更强的不敏感性,并且耐药相关靶基因在含双微体的胃癌样本中高表达并与不良预后密切相关。综上所述,该项研究为含有双微体的胃癌个体治疗提供了新的见解。

关键词：双微体增强子胃癌肿瘤免疫肿瘤耐药性生物信息学

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基于蛋白质组学的胃腺癌患者预后标志物筛选

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中国卫生统计 2025年第1期42卷 18-25,32页

作者：刘佳璐韩鑫浩魏孝礼陈璐程丽霞陈英东王文晗张秋菊哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室 150081 哈尔滨医科大学附属肿瘤医院消化内科

目的利用TCPA及UCSC Xena数据库获取样本信息,构建胃腺癌预后相关蛋白的预测模型,并检验其应用价值,以期为临床治疗与相关机制研究提供参考。方法利用R语言软件,通过单因素Cox分析和LASSO-Cox回归分析筛选与胃腺癌预后有关的蛋白质,并... 详细信息

目的利用TCPA及UCSC Xena数据库获取样本信息,构建胃腺癌预后相关蛋白的预测模型,并检验其应用价值,以期为临床治疗与相关机制研究提供参考。方法利用R语言软件,通过单因素Cox分析和LASSO-Cox回归分析筛选与胃腺癌预后有关的蛋白质,并计算风险评分,根据风险评分结果将患者划分为高风险组和低风险组开展生存分析。同时绘制风险评分的ROC曲线、蛋白质热图等,用以评估这些蛋白质的预测能力。然后,将风险评分与患者其他临床表型数据结合,进行多因素回归分析,建立预后模型,并绘制列线图。通过C-index指标、ROC曲线、决策曲线等评估预后模型建立的准确性。进行GO富集分析与KEGG富集分析,探索相关蛋白所参与的生物学过程。结果通过单因素Cox分析及LASSO-Cox分析筛选出15个差异蛋白质(CKIT、CHK1、CLAUDIN7、COLLAGENVI、DVL3、EGFR_pY1173、ERALPHA_pS11、NFKBP65_pS536、SYK、ETS1、MYOSINIIA_pS1943、P21、P90RSK、RAPTOR、XBP1),用于计算蛋白质风险评分。通过多因素回归分析,筛选出年龄、性别、M分期、N分期、风险评分这5种因素,构建预后模型。生存分析结果认为,蛋白质风险评分划分的高低风险组之间的总生存率有显著差异(P<0.0001)。列线图可以用来预测患者3年、5年的生存率,并认为具有较好的预测价值(C-index=0.7257)。ROC曲线显示模型在预测中表现出稳定的灵敏度和特异度(AUC=0.77和0.86)。结论胃腺癌预后相关蛋白质的预测模型可用来预测患者的临床预后,研究结果可为个性化治疗和管理提供参考。

关键词：胃腺癌预测模型预后

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基于TransUNet改进的多任务模型在直肠癌新辅助治疗中的应用

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中国卫生统计 2025年第1期42卷 2-6页

作者：尹淑文丁志鹏李岩高国闳程丽霞陈英东王文晗张秋菊周洋哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室 150081 哈尔滨医科大学附属肿瘤医院影像中心

目的本研究基于深度学习方法对分割模型TransUNet做部分改进,构建既可分割又可预测分类的多任务模型,并应用于直肠癌新辅助治疗患者敏感人群识别的核磁图像中。方法多任务模型在TransUNet基础上添加分类结构,具体为全连接层(输入为512,... 详细信息

目的本研究基于深度学习方法对分割模型TransUNet做部分改进,构建既可分割又可预测分类的多任务模型,并应用于直肠癌新辅助治疗患者敏感人群识别的核磁图像中。方法多任务模型在TransUNet基础上添加分类结构,具体为全连接层(输入为512,输出为256)、ReLU激活函数、全连接层(输入为256,输出为3),实现三分类结局的预测,即疾病稳定(stable disease,SD),部分反应(partial response,PR)和完全反应(complete response,CR)。以2015—2017年哈尔滨医科大学附属肿瘤医院收治的71名直肠癌患者新辅助化疗前的3D核磁图像提取为2D图像作为研究数据,采用Dice系数和豪斯多夫距离评价分割效果,准确率、micro-precision、micro-recall和micro-F1 score评价分类效果。结果模型训练了100个轮次,分割任务在测试集上的平均Dice系数和平均豪斯多夫距离分别为0.851和10.806,分类任务从切片角度,测试集上的准确率、micro-precision、micro-recall和micro-F1 score均为0.615,从患者角度,四个指标均为0.857。结论分割任务效果良好,分类任务以切片为单位,效果一般,以患者为单位,考虑到结局为三分类,尚且可以接受。该多任务模型有潜力用于临床进行辅助诊断。

关键词：深度学习多任务学习结直肠癌新辅助治疗

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GLI1介导的巨噬细胞极化调控缺氧性肺动脉高压的作用及机制

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中国免疫学杂志 2024年第5期40卷 1016-1022页

作者：朱祥瑞梅健王朝思欧琅琳张立新王晓颖和思燏白君娥管晓宇袁昊马翠哈尔滨医科大学大庆校区医学检验与技术学院免疫教研室大庆163319 哈尔滨医科大学药学院哈尔滨150081

目的:探讨神经胶质瘤相关癌基因家族锌指1(GLI1)对缺氧诱导大鼠肺泡巨噬细胞(NR8383)发生M1表型转化的作用机制及对肺动脉高压(PH)进展的影响。方法:将15只成年雄性Wistar大鼠随机分为对照组、缺氧PH模型组和缺氧PH加GANT61给药处理组,... 详细信息

目的:探讨神经胶质瘤相关癌基因家族锌指1(GLI1)对缺氧诱导大鼠肺泡巨噬细胞(NR8383)发生M1表型转化的作用机制及对肺动脉高压(PH)进展的影响。方法:将15只成年雄性Wistar大鼠随机分为对照组、缺氧PH模型组和缺氧PH加GANT61给药处理组,每组5只。小动物超声、右心导管实验检测大鼠PH相关指标,确定GLI1特异性抑制剂GANT61对PH进程的影响。HE染色检测肺动脉壁厚度。免疫组化检测α-SMA及M1型极化标志物TNF-α和IL-1β蛋白表达。免疫荧光检测M1型极化标志物CD86及TNF-α表达。Western blot检测GLI1及NF-κB蛋白表达。qRT-PCR检测M1型极化标志物iNOS、CD86、TNF-α、IL-1β及IL-12 mRNA表达。CHIP-PCR验证GLI1调控NF-κB启动子活性。ELISA检测IL-12含量。CCK-8检测大鼠肺动脉平滑肌细胞增殖。结果:GLI1抑制剂GANT61可缓解缺氧大鼠PH(P<0.05)。与缺氧组相比,抑制GLI1可降低大鼠肺组织TNF-α和IL-1β表达(P<0.05)。细胞实验中,缺氧通过上调GLI1激活NF-κB通路诱导NR8383 M1型极化,GLI1过表达促进M1型巨噬细胞相关标志物iNOS、CD86、TNF-α、IL-1β及IL-12表达(P<0.05)。NR8383培养上清可刺激肺动脉平滑肌细胞增殖(P<0.05),参与PH。结论:缺氧通过上调GLI1激活NF-κB通路诱导巨噬细胞发生M1型极化参与PH发生。

关键词：神经胶质瘤相关癌基因家族锌指1 缺氧巨噬细胞 M1型极化肺动脉高压

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基于CRM-TE模型的抗肿瘤药物最适剂量估计方法

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中国卫生统计 2023年第2期40卷 195-198页

作者：周克强李爽徐佳钦李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的研究一种新的抗肿瘤药物剂量探索模型(continual reassessment method based on toxicity and efficacy,CRM-TE),这种模型可以在I期临床试验中同时考虑毒性和疗效的药物作用,给II期临床试验推荐最适剂量(recommend the optimal dose... 详细信息

目的研究一种新的抗肿瘤药物剂量探索模型(continual reassessment method based on toxicity and efficacy,CRM-TE),这种模型可以在I期临床试验中同时考虑毒性和疗效的药物作用,给II期临床试验推荐最适剂量(recommend the optimal dose,RP2D)。方法基于连续重评估模型(continual reassessment model,CRM)对药物的剂量-毒性和剂量-疗效曲线分别进行估计,并根据给出的权衡函数选择最适剂量。结果本文提出最适剂量估计方法与目前现有的同类型方法相比,能够在保证安全性的前提下,同时综合考虑不同剂量下的疗效,使选择的RP2D更为合理。结论本文为药物临床试验最适推荐剂量提供了一种新的方法,对于抗肿瘤等药物剂量探索具有一定的实用价值。

关键词：临床试验最适剂量权衡函数

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Specter聚类方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用

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中国卫生统计 2023年第3期40卷 354-357,362页

作者：何佳王文杰张刘超李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的研究Specter聚类的原理和方法,探讨其适用条件,并将其应用于卵巢癌单细胞测序(scRNA-seq)数据的聚类分析,标记得到的细胞亚群。方法通过模拟试验和实际单细胞RNA数据分析,对Specter聚类和较常用的其他三种方法进行比较,并用ARI和NM... 详细信息

目的研究Specter聚类的原理和方法,探讨其适用条件,并将其应用于卵巢癌单细胞测序(scRNA-seq)数据的聚类分析,标记得到的细胞亚群。方法通过模拟试验和实际单细胞RNA数据分析,对Specter聚类和较常用的其他三种方法进行比较,并用ARI和NMI两种评价指标的总得分进行评价。结果模拟试验显示,在设定的条件下,Specter聚类性能均优于其他三种方法;实例数据结果也表明,Specter聚类能够得到合理的细胞亚群。结论Specter聚类方法降低了参数敏感性,提高了聚类的准确性,具有研究价值和应用价值。

关键词： Specter scRNA-seq 聚类细胞亚群

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癌症患者家庭主要照顾者负担量表开发与应用

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中国卫生统计 2025年第2期42卷 180-184页

作者：李晗琦郑冬兰王留辉辛灵刘欢吴群红胥娇哈尔滨医科大学卫生管理学院社会医学教研室 150081

目的开发针对癌症患者家庭主要照顾者负担的多维度特异性量表,验证其信效度,并揭示负担水平。方法在哈尔滨两家医疗机构对癌症患者家庭主要照顾者开展问卷调查,收回有效问卷571份。采用SPSS 27.0和AMOS 28.0软件进行信效度分析,通过... 详细信息

目的开发针对癌症患者家庭主要照顾者负担的多维度特异性量表,验证其信效度,并揭示负担水平。方法在哈尔滨两家医疗机构对癌症患者家庭主要照顾者开展问卷调查,收回有效问卷571份。采用SPSS 27.0和AMOS 28.0软件进行信效度分析,通过四分位数法确定负担得分临界值,评估负担水平。结果修订后量表包括5个维度共21个条目。量表整体与各维度的Cronbach’s α系数范围为0.798~0.922,Omega系数范围为0.806~0.918,分半信度范围为0.753~0.862。各维度的平均方差提取值和组合信度值均符合标准。54.8%的照顾者承受着中重度负担,其中经济与共情维度得分最高。结论癌症患者家庭主要照顾者负担量表具有良好的信效度。超过半数的照顾者负担水平相对较重,政策决策者应加大经济和临终慰藉服务的政策支持力度。

关键词：癌症家庭主要照顾者负担信效度量表

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SDAEC算法在单细胞测序数据批次校正中的应用

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中国卫生统计 2024年第4期41卷 501-506页

作者：王文杰李康谢宏宇哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081 浙江大学医学院附属妇产科医院临床研究中心

目的提出深度堆叠降噪自编码嵌套聚类(stacked denoising auto encoder embedded cluster, SDAEC)算法并用于单细胞mRNA测序(single cell mRNA sequence, scRNA-seq)数据的批次效应移除,对其移除批次效应性能进行评估。方法基于单细... 详细信息

目的提出深度堆叠降噪自编码嵌套聚类(stacked denoising auto encoder embedded cluster, SDAEC)算法并用于单细胞mRNA测序(single cell mRNA sequence, scRNA-seq)数据的批次效应移除,对其移除批次效应性能进行评估。方法基于单细胞数据具有高维度、高稀疏性及高度非线性误差特点,通过将单细胞Louvain聚类算法嵌入堆叠降噪自动编码器(stacked denoising auto encoder, SDAE)算法中,形成SDAEC算法,用于单细胞测序数据的批次效应移除。结合实际卵巢癌组织scRNA-seq数据,利用分布邻域嵌入(t-distributed stochastic neighbor embedding, tSNE)、 k最近邻批次效应检测(k-nearest-neighbor batch-effect test, kBET)、调整兰德系数(adjusted rand index, ARI)、标准化互信息(normalized mutual information, NMI)、平均轮廓宽度(average silhouette width, ASW)评价其移除批次效应性能。结果利用SDAEC方法对scRNA-seq数据批次效应移除性能高于Combat、相互最近邻(mutual nearest neighbors, MNN)、分布匹配残差网络(maximum mean discrepancy distribution-matching residual networks, MMD-ResNet)和基于零膨胀负二项的方差提取法(zero-inflated negative binomial-based wanted variation extraction, ZINB-WaVE)。结论 SDAEC算法能够移除scRNA-seq数据的批次效应,提高scRNA-seq数据下游分析的有效性,具有实际应用价值。

关键词：深度堆叠降噪自编码嵌套聚类单细胞测序批次效应卵巢癌

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