检索结果-内蒙古大学图书馆

中国卫生统计 2020年第5期37卷 667-671页

作者：谭起龙邓魁李康李贞子哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的通过随机森林回归(random forest,RF)方法提取不同批次间质控(quality control,QC)样本数据的批次特征,从而移除代谢组研究样本数据的批次效应,提高统计分析方法的分类识别能力。方法利用心血管疾病的代谢组质控样本在检测过程中产... 详细信息

目的通过随机森林回归(random forest,RF)方法提取不同批次间质控(quality control,QC)样本数据的批次特征,从而移除代谢组研究样本数据的批次效应,提高统计分析方法的分类识别能力。方法利用心血管疾病的代谢组质控样本在检测过程中产生的系统误差,通过随机森林回归方法获得质控样本质谱数据的系统误差特征,从而移除研究样本数据中存在的批次效应。对校正后的质谱数据用可视化方法和定量度量指标进行评价,再用统计方法筛选差异变量和建立判别模型,评价移除效果。结果经过QC-RF回归方法移除批次效应后的质谱数据分类判别效果明显优于使用QC-LOESS方法、ComBat方法和原始数据得到的结果。结论对于代谢组学质谱数据,QC-RF回归方法能够移除批次效应,提高数据的有效性和稳定性,具有实际应用价值。

关键词：代谢组学质谱数据批次效应随机森林回归

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基于ESPCA模型的结肠癌差异基因筛选研究

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中国卫生统计 2021年第4期38卷 493-497页

作者：李称张秋菊孙琳丛雨欣赵敏刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的验证ESPCA模型降维及变量选择的效果优于SPCA;利用ESPCA模型分析结肠癌基因数据,寻找不同主成分的通路信息,筛选结肠癌的差异基因。方法模拟实验比较ESPCA模型与SPCA的降维及变量选择能力,通过灵敏度、特异度、准确度评价其变量筛... 详细信息

目的验证ESPCA模型降维及变量选择的效果优于SPCA;利用ESPCA模型分析结肠癌基因数据,寻找不同主成分的通路信息,筛选结肠癌的差异基因。方法模拟实验比较ESPCA模型与SPCA的降维及变量选择能力,通过灵敏度、特异度、准确度评价其变量筛选效果;收集TCGA结肠癌基因数据,利用ESPCA模型对结肠癌基因数据进行降维及变量筛选。结果模拟实验获得的ESPCA模型具有较高的灵敏度、特异度和准确度,降维及变量选择效果优于SPCA。结肠癌数据分析结果显示:降维后ESPCA模型第一主成分中基因与18条GO-BP通路及7条KEGG通路有关,ESPCA模型第二主成分中基因与19条GO-BP通路有关;根据度中心性及中介中心性对主成分基因排序筛选出6个差异基因:MYC、CD44、PKM、FBL、PSMA7、RPS2,经GSE137327数据集验证具有较高的AUC值。结论ESPCA模型在降维过程中既考虑数据本身信息,又考虑了生物网络信息,具有良好的降维及变量选择效果。结肠癌数据分析中ESPCA第一主成分中基因参与癌症相关的通路;ESPCA第二主成分中基因参与的通路与免疫相关;通路中基因参与癌症的发生发展过程、可能通过免疫反应相关通路调节结肠癌的发生发展过程;获得的6个结肠癌差异基因可为研究疾病发生机制和鉴别诊断提供依据。

关键词：边组稀疏主成分分析高维组学降维方法变量选择

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基于动态代谢组学数据通路信息校正的混合效应模型建立及模拟研究

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中国卫生统计 2020年第5期37卷 678-681,686页

作者：田伟张秋菊侯小文李称丛雨欣赵敏刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型,通过模拟实验评价模型筛选动态代谢标志物的效果,为动态代谢组学生物标志物筛选提供方法。方法通过条件自回归模型,利用代谢物在通路中的位置关系,结合一阶自回归模型,建立基于代谢通路信... 详细信息

目的建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型,通过模拟实验评价模型筛选动态代谢标志物的效果,为动态代谢组学生物标志物筛选提供方法。方法通过条件自回归模型,利用代谢物在通路中的位置关系,结合一阶自回归模型,建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型并进行模拟研究;利用模型实现代谢标志物相关关系和时间因素的拟合,结合处理因素回归系数的95%可信区间获得动态代谢标志物。结果建立了基于代谢通路信息校正的混合效应模型;在各种模拟条件下,模型对动态代谢标志物的筛选均有较高灵敏度,特异度以及准确率;动态时间点数和代谢物自身噪声水平对模型的灵敏度有较大影响;通过模拟实验发现时间点数大于5时模型已有较高的拟合精度;样本量是影响模型拟合效果的重要因素,当样本量大于30时,模型筛选差异标志物的灵敏度已大于90%。结论基于通路信息校正的混合效应模型,能够很好地应对动态代谢组学数据分析的各种复杂情况,是动态代谢组生物标志物筛选研究的可选方法之一。

关键词：动态代谢组学混合效应模型代谢通路标志物

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基于自编码的特征提取方法在生物医学领域中的应用进展

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中国卫生统计 2020年第2期37卷 317-320页

作者：王策徐臻旖宋佳丽卢宇红李康侯艳哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

随着科技水平的不断提高,研究者们可以获得有关疾病的各类数据,例如基因组学、蛋白质组学、代谢组学、影像学等。这些海量数据的获得使得我们对疾病的了解更加深入。但随之而来的问题是,研究者们如何从海量数据中提取有用的信息,从而集... 详细信息

随着科技水平的不断提高,研究者们可以获得有关疾病的各类数据,例如基因组学、蛋白质组学、代谢组学、影像学等。这些海量数据的获得使得我们对疾病的了解更加深入。但随之而来的问题是,研究者们如何从海量数据中提取有用的信息,从而集中资源进行深入的研究,成为科研工作者面临的新挑战。近年来硬件技术的飞速发展和存储数据能力的增强,促进了大数据机器学习方法的发展,研究者已经将机器学习方法,特别是深度学习,应用于这类复杂数据的分析[1-4]。

关键词：机器学习方法海量数据硬件技术深度学习自编码代谢组学基因组学生物医学领域

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基于联合稀疏典型相关的泛癌CNVs与mRNA联合分析

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中国卫生统计 2020年第5期37卷 687-690页

作者：侯小文张秋菊田伟李称丛雨欣赵敏刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的利用联合稀疏典型相关方法进行泛癌拷贝数变异(CNVs)与mRNA数据融合分析,探讨拷贝数对基因表达的影响,识别分子机制的同质性和特异性,为癌症的分子机制研究提供依据。方法通过联合稀疏典型相关方法进行泛癌CNVs和mRNA数据融合分析,... 详细信息

目的利用联合稀疏典型相关方法进行泛癌拷贝数变异(CNVs)与mRNA数据融合分析,探讨拷贝数对基因表达的影响,识别分子机制的同质性和特异性,为癌症的分子机制研究提供依据。方法通过联合稀疏典型相关方法进行泛癌CNVs和mRNA数据融合分析,提取泛癌中共存CNVs及其相关的mRNA建立相关模块;在此基础上利用联合稀疏精确矩阵估计算法筛选具有直接关系的CNVs-mRNA对,并分析CNVs与不同肿瘤分期的相关性。结果提取的相关模块中CNVs和mRNA变量数分别为195和177个,其中13个mRNA存在于全部癌症,38个mRNA特异性存在于单一癌症中;共筛选出16对具有直接相关关系的CNVs-mRNA对,包括11个CNVs位点,对应基因EYA2、NNAT已在多种癌症中被发现;相关性检验显示全部11个基因拷贝数与结肠癌的T、N期,肾透明细胞癌的T、M期,浸润性乳腺癌的T期相关。结论CNVs-mRNA相关关系在泛癌间存在同质性和特异性,同质性关系可用于识别泛癌药物作用靶点,特异性关系可以为研究癌症遗传变异对基因表达的特异性影响提供线索;CNVs-mRNA直接相关对中部分基因拷贝数与肿瘤分期相关,相应CNVs可能对基因表达有较强影响。

关键词：联合稀疏典型相关联合稀疏精确矩阵估计泛癌拷贝数变异 mRNA

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基于增强子调控化疗相关基因的结直肠癌分型研究

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中国卫生统计 2024年第1期41卷 45-48,52页

作者：田伟严光灿张秋菊刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的利用增强子RNA调控的化疗相关基因对结直肠癌患者进行分型,为精准医疗提供依据。方法通过TCGA、 GEO数据库获取结直肠癌患者基因表达数据,筛选增强子调控的化疗相关基因,利用非负矩阵分解方法进行直肠癌患者分型,并在独立数据集... 详细信息

目的利用增强子RNA调控的化疗相关基因对结直肠癌患者进行分型,为精准医疗提供依据。方法通过TCGA、 GEO数据库获取结直肠癌患者基因表达数据,筛选增强子调控的化疗相关基因,利用非负矩阵分解方法进行直肠癌患者分型,并在独立数据集中验证分型结果的稳定性。通过生存分析、 GSVA、 SubMap方法,比较各亚型患者在生存结局、代谢通路活性、免疫浸润细胞浸润等方面的差异。收集结直肠癌新辅助化疗患者血浆,检测血浆蛋白表达量,分析增强子RNA(eRNA)调控基因与结果化疗敏感性的相关性。结果本研究收集了581人的TCGA基因表达数据,筛选50个eRNA调控的化疗相关基因,通过非负矩阵分解获得三个结直肠癌亚型:eRNA1、 eRNA2、 eRNA3, GEO验证集的分型结果与TCGA基因表达数据一致,均分为3个亚型。生存分析、代谢通路分析、免疫浸润分析提示:eRNA2,生存结局最差、 32个代谢相关通路异常激活、免疫浸润程度明显偏低。在蛋白水平上,eRNA调控基因与化疗敏感性存在关联性。结论在缺乏有效结直肠癌临床分型的前提下,本研究通过eRNA调控的化疗相关靶基因可以进行结直肠癌稳定有效的分型;各亚型在生存结局、免疫细胞浸润、代谢相关通路研究中的差异,可为临床个体化治疗提供指导,并为相关机制研究指供线索。

关键词：结直肠癌增强子RNA 化疗代谢通路

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疾病治疗质量综合评价的维度融合方法研究

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中国卫生统计 2022年第1期39卷 157-160页

作者：栗景坤包晓蔷李习王超刘梦洋田园刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

治疗质量是指在现有医疗环境和资源的情况下,不增加病人经济负担,利用循证医学验证的有效治疗方法制定的最合理诊疗式,其本身是一个不可直接测量的变量^([1])。进行医院的治疗质量综合评价,需要考虑疾病诊疗的全部过程,如检查、手术、... 详细信息

治疗质量是指在现有医疗环境和资源的情况下,不增加病人经济负担,利用循证医学验证的有效治疗方法制定的最合理诊疗式,其本身是一个不可直接测量的变量^([1])。进行医院的治疗质量综合评价,需要考虑疾病诊疗的全部过程,如检查、手术、功能评价和结局等^([2]);其中涉及多个治疗维度及相应评价指标^([3]),为获得客观、全面且具有代表性的治疗质量,需要将多个维度的治疗质量进行合理融合获得综合评价结果,确定维度间权重成为获得综合治疗质量的关键。

关键词：治疗质量循证医学疾病诊疗质量综合评价功能评价疾病治疗融合方法直接测量

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基于网络解卷积和网络沉默算法的高维数据网络优化策略与比较

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中国卫生统计 2019年第1期36卷 68-70,74页

作者：荣志炜王文杰李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的根据组学数据构建网络存在间接边的问题,对此可通过适当的算法进行优化。本文使用DREAM5平台的网络数据,对网络解卷积方法(ND)和网络沉默(Silencing)两种网络优化算法的效果进行比较,提供合适的网络构建策略。方法分别使用7种方法... 详细信息

目的根据组学数据构建网络存在间接边的问题,对此可通过适当的算法进行优化。本文使用DREAM5平台的网络数据,对网络解卷积方法(ND)和网络沉默(Silencing)两种网络优化算法的效果进行比较,提供合适的网络构建策略。方法分别使用7种方法构建网络,然后使用ND和Silencing算法对网络优化,再通过ROC-PR曲线的评分对其效果进行比较,最后用网络结构分析方法评价去除间接效应的能力。结果两种方法对大多数网络都有较好的优化能力,能够很好地去除间接效应;相对而言,ND方法略优于Silencing方法。结论使用RF+ND和CLR+Silencing方法构建网络是两种较好的网络构建策略。

关键词：基因调控网络网络优化网络解卷积网络沉默

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临床试验中安慰剂的使用和设置问题

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中华医学杂志 2008年第28期88卷 2012-2014页

作者：武振宇李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

为保证临床试验的科学性和有效性，通常采用随机、双盲、安慰剂对照的方法，并视其为标准方法。由于临床试验的受试对象是人而不是动物，并且安慰剂效应的本质毕竟是通过无直接药理学作用的物质或改变治疗过程中的氛围达到一定的效果，... 详细信息

为保证临床试验的科学性和有效性，通常采用随机、双盲、安慰剂对照的方法，并视其为标准方法。由于临床试验的受试对象是人而不是动物，并且安慰剂效应的本质毕竟是通过无直接药理学作用的物质或改变治疗过程中的氛围达到一定的效果，如何在保证受试者权益的前提下尽可能实现试验的科学性，长期以来一直是一个广为关注和争论的问题。

关键词：安慰剂对照临床试验设置药理学作用安慰剂效应受试者权益标准方法受试对象

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病例组合对医生治疗质量排名可靠性的影响研究

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中国卫生统计 2022年第6期39卷 855-858页

作者：刘梦洋王永晨侯爽田园安宁张丽媛魏丽刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的利用乳腺癌治疗质量评价指标中的结局指标及综合得分,分析病例组合对医生治疗质量排序影响,探讨有效的治疗质量排序方法,为医生绩效考核及职称评定提供参考。方法收集浸润性乳腺癌病例数据,计算乳腺癌术后复发率,利用9个治疗质量评... 详细信息

目的利用乳腺癌治疗质量评价指标中的结局指标及综合得分,分析病例组合对医生治疗质量排序影响,探讨有效的治疗质量排序方法,为医生绩效考核及职称评定提供参考。方法收集浸润性乳腺癌病例数据,计算乳腺癌术后复发率,利用9个治疗质量评价指标计算治疗质量综合得分,建立固定效应模型和随机效应模型,分别进行调整和未调整病例组合的logistic回归分析,估计医生治疗质量的固定效应和随机效应,依次进行排序并计算排名可靠性。结果本研究共收集18位医生,1197例治疗患者,乳腺癌术后平均复发率为5%,治疗质量综合得分均值为0.5689。经病例组合因素校正后,医生治疗质量排序发生变化,固定效应模型和随机效应模型的估计系数减小;术后复发率的固定效应模型排序上升率为44.44%,随机效应模型的排序上升率为33.33%,综合得分的固定效应模型排序上升率为38.89%,随机效应模型中排序上升率为27.78%。术后复发率的排名可靠性为0.6078,综合得分的排名可靠性为0.7001。结论在乳腺癌治疗质量评价中,病例组合因素不可忽略,需利用模型进行病例组合校正,可以更公平地比较医生治疗质量的差异;本研究提示选择治疗质量综合得分进行医生治疗质量排序,且医生治疗的患者例数越多,结果越稳定、可靠性更好。

关键词：治疗质量病例组合乳腺癌随机效应

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