检索结果-内蒙古大学图书馆

中国卫生统计 2020年第5期37卷 687-690页

作者：侯小文张秋菊田伟李称丛雨欣赵敏刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的利用联合稀疏典型相关方法进行泛癌拷贝数变异(CNVs)与mRNA数据融合分析,探讨拷贝数对基因表达的影响,识别分子机制的同质性和特异性,为癌症的分子机制研究提供依据。方法通过联合稀疏典型相关方法进行泛癌CNVs和mRNA数据融合分析,... 详细信息

目的利用联合稀疏典型相关方法进行泛癌拷贝数变异(CNVs)与mRNA数据融合分析,探讨拷贝数对基因表达的影响,识别分子机制的同质性和特异性,为癌症的分子机制研究提供依据。方法通过联合稀疏典型相关方法进行泛癌CNVs和mRNA数据融合分析,提取泛癌中共存CNVs及其相关的mRNA建立相关模块;在此基础上利用联合稀疏精确矩阵估计算法筛选具有直接关系的CNVs-mRNA对,并分析CNVs与不同肿瘤分期的相关性。结果提取的相关模块中CNVs和mRNA变量数分别为195和177个,其中13个mRNA存在于全部癌症,38个mRNA特异性存在于单一癌症中;共筛选出16对具有直接相关关系的CNVs-mRNA对,包括11个CNVs位点,对应基因EYA2、NNAT已在多种癌症中被发现;相关性检验显示全部11个基因拷贝数与结肠癌的T、N期,肾透明细胞癌的T、M期,浸润性乳腺癌的T期相关。结论CNVs-mRNA相关关系在泛癌间存在同质性和特异性,同质性关系可用于识别泛癌药物作用靶点,特异性关系可以为研究癌症遗传变异对基因表达的特异性影响提供线索;CNVs-mRNA直接相关对中部分基因拷贝数与肿瘤分期相关,相应CNVs可能对基因表达有较强影响。

关键词：联合稀疏典型相关联合稀疏精确矩阵估计泛癌拷贝数变异 mRNA

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随机森林回归分析方法在代谢组学批次效应移除中的应用

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中国卫生统计 2020年第5期37卷 667-671页

作者：谭起龙邓魁李康李贞子哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的通过随机森林回归(random forest,RF)方法提取不同批次间质控(quality control,QC)样本数据的批次特征,从而移除代谢组研究样本数据的批次效应,提高统计分析方法的分类识别能力。方法利用心血管疾病的代谢组质控样本在检测过程中产... 详细信息

目的通过随机森林回归(random forest,RF)方法提取不同批次间质控(quality control,QC)样本数据的批次特征,从而移除代谢组研究样本数据的批次效应,提高统计分析方法的分类识别能力。方法利用心血管疾病的代谢组质控样本在检测过程中产生的系统误差,通过随机森林回归方法获得质控样本质谱数据的系统误差特征,从而移除研究样本数据中存在的批次效应。对校正后的质谱数据用可视化方法和定量度量指标进行评价,再用统计方法筛选差异变量和建立判别模型,评价移除效果。结果经过QC-RF回归方法移除批次效应后的质谱数据分类判别效果明显优于使用QC-LOESS方法、ComBat方法和原始数据得到的结果。结论对于代谢组学质谱数据,QC-RF回归方法能够移除批次效应,提高数据的有效性和稳定性,具有实际应用价值。

关键词：代谢组学质谱数据批次效应随机森林回归

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基于动态代谢组学数据通路信息校正的混合效应模型建立及模拟研究

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中国卫生统计 2020年第5期37卷 678-681,686页

作者：田伟张秋菊侯小文李称丛雨欣赵敏刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081

目的建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型,通过模拟实验评价模型筛选动态代谢标志物的效果,为动态代谢组学生物标志物筛选提供方法。方法通过条件自回归模型,利用代谢物在通路中的位置关系,结合一阶自回归模型,建立基于代谢通路信... 详细信息

目的建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型,通过模拟实验评价模型筛选动态代谢标志物的效果,为动态代谢组学生物标志物筛选提供方法。方法通过条件自回归模型,利用代谢物在通路中的位置关系,结合一阶自回归模型,建立基于代谢通路信息校正的混合效应模型并进行模拟研究;利用模型实现代谢标志物相关关系和时间因素的拟合,结合处理因素回归系数的95%可信区间获得动态代谢标志物。结果建立了基于代谢通路信息校正的混合效应模型;在各种模拟条件下,模型对动态代谢标志物的筛选均有较高灵敏度,特异度以及准确率;动态时间点数和代谢物自身噪声水平对模型的灵敏度有较大影响;通过模拟实验发现时间点数大于5时模型已有较高的拟合精度;样本量是影响模型拟合效果的重要因素,当样本量大于30时,模型筛选差异标志物的灵敏度已大于90%。结论基于通路信息校正的混合效应模型,能够很好地应对动态代谢组学数据分析的各种复杂情况,是动态代谢组生物标志物筛选研究的可选方法之一。

关键词：动态代谢组学混合效应模型代谢通路标志物

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急性外伤性弥漫性脑肿胀与蛛网膜下腔出血的相关性分析及其机制初探

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中华神经外科杂志 2022年第9期38卷 928-933页

作者：李祥龙肖正远夏开国杨超郭张超杨福兵陈礼刚西南医科大学附属医院神经外科四川省神经外科临床医学研究中心泸州646000 西南医科大学附属医院放射科泸州646000 西南医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室泸州646000

目的分析急性外伤性弥漫性脑肿胀(PADBS)与蛛网膜下腔出血(SAH)的相关性及其机制初探。方法回顾性分析西南医科大学附属医院神经外科2017年3月至2020年4月收治的脑挫裂伤患者48例,根据入院时头颅CT,将患者分为PADBS组(26例)和非脑肿胀组... 详细信息

目的分析急性外伤性弥漫性脑肿胀(PADBS)与蛛网膜下腔出血(SAH)的相关性及其机制初探。方法回顾性分析西南医科大学附属医院神经外科2017年3月至2020年4月收治的脑挫裂伤患者48例,根据入院时头颅CT,将患者分为PADBS组(26例)和非脑肿胀组(22例)。比较两组患者SAH发生率的差异。所有患者均行CT灌注成像(CTP)检查,比较两组患者CTP相关参数的差异。两组各选择3例合并SAH并行去骨瓣减压术的患者,对术中切除的废弃脑组织进行全基因组表达谱芯片检查,比较两组基因表达的差异。结果PADBS组76.9%(20/26)的患者合并SAH,高于非脑肿胀组的40.9%(9/22),差异有统计学意义(P<0.05);CTP显示,PADBS组脑血容量、脑血流量降低,脑血流平均通过时间延长,差异均有统计学意义(均P<0.05)。基因芯片分析显示,与非脑肿胀组比较,PADBS组脑组织中炎性反应、免疫反应及应激反应相关基因表达均明显下调,低氧诱导因子1α(HIF-1α)、糖酵解途径中己糖激酶2(HK2)、乳酸脱氢酶A(LDHA)mRNA的表达水平均明显降低(均P<0.05)。结论PADBS可能与外伤性SAH有关,相关机制可能与低氧应激反应降低有关。

关键词：脑损伤,创伤性蛛网膜下腔出血,创伤性弥漫性脑肿胀机制

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大容量天然人源Fab噬菌体展示抗体库的构建及鉴定

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中华流行病学杂志 2025年第2期46卷 288-295页

作者：赵雅坤魏销玥孟凡亮刘文韬范佳铭龙丽瑾王婉婷陈建伶张建中何利华刘立雍赵瑞孙迪袁雪珍闫笑梅中国医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室沈阳110122 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206 北京知禾新创生物技术有限公司北京102299

目的构建大容量天然人源Fab噬菌体展示抗体库,用于体外筛选高亲和力的特异性抗体。方法收集126名健康人的外周血,分离单个核细胞,提取RNA,反转录合成cDNA,以cDNA为模板,通过PCR分别扩增IgG、IgM的VH以及抗体V_(κ)、C_(κ)和V_(λ)、C_(... 详细信息

目的构建大容量天然人源Fab噬菌体展示抗体库,用于体外筛选高亲和力的特异性抗体。方法收集126名健康人的外周血,分离单个核细胞,提取RNA,反转录合成cDNA,以cDNA为模板,通过PCR分别扩增IgG、IgM的VH以及抗体V_(κ)、C_(κ)和V_(λ)、C_(λ)基因,以第一次PCR产物为模板进行二次PCR。通过重叠PCR将V_(κ)与C_(κ)及V_(λ)与C_(λ)连接得到轻链,最后通过重叠PCR得到轻链+VH片段。将酶切的抗体基因与含有重链CH1编码基因的噬菌体载体pNC3连接,电转化大肠埃希菌TG1感受态细胞。随机挑选100个阳性克隆进行菌落PCR鉴定及测序,并利用IMGT数据库和MAFFT序列比对软件分析抗体基因多态性。以重组表达的金黄色葡萄球菌α溶血素对抗体库进行富集筛选。随机挑选单克隆进行噬菌体ELISA检测,并对阳性克隆(抗原A450∶空白对照A_(450)≥2.1)进行测序。结果成功构建2个库容量分别为1.25×10^(11)的κ链和1.54×10^(11)的λ链的大容量天然人源Fab噬菌体展示抗体库,κ链和λ链噬菌体展示抗体库噬菌体滴度分别为6.04×10^(13) CFU/ml和3.50×10^(13) CFU/ml。κ链和λ链噬菌体展示抗体库转化阳性插入率分别为96%(96/100)和100%(100/100)。序列分析发现,测序获得的抗体序列均为独特序列。骨架区氨基酸序列相对保守,互补决定区(CDR)氨基酸序列长度不等,氨基酸多样性大,尤其是CDR3。经过IMGT数据库分析发现,序列有广泛的可变-多样性-连接片段家族分布。经过6轮富集筛选,获得了针对金黄色葡萄球菌α溶血素的特异性噬菌体抗体富集,对142个单克隆进行测序,结果显示共有8条独特型Fab抗体序列。结论本研究成功构建了大容量天然人源Fab噬菌体展示抗体库,抗体库多样性良好,可用于血清流行病学相关的抗体筛选。

关键词：噬菌体展示抗体库 Fab抗体天然抗体库

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应用含时间依存协变量Cox回归模型分析弥漫大B细胞淋巴瘤预后影响因素

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肿瘤研究与临床 2023年第12期35卷 919-923页

作者：赵志强王丽军乔宇闫旭丽王列样山西省肿瘤医院、中国医学科学院肿瘤医院山西医院、山西医科大学附属肿瘤医院血液科太原030013 山西医科大学卫生统计学教研室太原030001

目的探讨弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者预后的影响因素。方法回顾性分析山西省肿瘤医院2013年1月至2020年12月收治的431例DLBCL患者的临床资料,构建单因素和多因素含时间依存协变量Cox回归模型,分析患者临床特征与预后的关系。结果431... 详细信息

目的探讨弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者预后的影响因素。方法回顾性分析山西省肿瘤医院2013年1月至2020年12月收治的431例DLBCL患者的临床资料,构建单因素和多因素含时间依存协变量Cox回归模型,分析患者临床特征与预后的关系。结果431例患者中,年龄、肿瘤长径、肿瘤短径均满足比例风险假定(相关系数分别为0.044、-0.015、-0.680,均P>0.05)。疾病等级、红细胞沉降率(ESR)是否升高、CD20是否阳性对生存时间的影响效应随时间变化而变化,不满足比例风险假定,为时间相依协变量(均P<0.05)。含时间依存协变量Cox回归多因素分析显示:乳酸脱氢酶(LDH)是否升高(χ^(2)=13.78,P<0.001)、β_(2)微球蛋白(β_(2)-MG)是否升高(χ^(2)=5.36,P=0.021)、肿瘤长径(χ^(2)=4.12,P=0.042)、CD20是否阳性(χ^(2)=7.09,P=0.008)、ESR是否升高(χ^(2)=5.46,P=0.019)是DLBCL患者死亡的独立影响因素。结论LDH升高、β_(2)-MG升高、肿瘤长径、ESR升高、CD20阳性的DLBCL患者预后较差,临床医生应针对此类型患者采取进一步的治疗手段,降低死亡率。

关键词：淋巴瘤大B细胞弥漫性生存分析预后

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新疆伊犁地区60岁以上农村居民膳食炎症与衰弱的关系

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中华疾病控制杂志 2023年第6期27卷 722-725页

作者：赵辉符文慧迪丽胡玛尔·艾力罗涛乔婷婷张国珍戴江红新疆医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室乌鲁木齐830017 新疆特殊环境与健康研究重点实验室乌鲁木齐830011 新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心免疫规划科乌鲁木齐830000 新疆医科大学护理学院妇产科护理教研室乌鲁木齐830017

目的探讨新疆伊犁地区60岁以上农村居民膳食炎症与衰弱的关系。方法2019年1―5月新疆伊犁地区霍城县招募的1682名60岁以上居民为研究对象,进行问卷调查及体格检查,通过能量调整膳食炎症指数(energy-density dietary inflammatory index,... 详细信息

目的探讨新疆伊犁地区60岁以上农村居民膳食炎症与衰弱的关系。方法2019年1―5月新疆伊犁地区霍城县招募的1682名60岁以上居民为研究对象,进行问卷调查及体格检查,通过能量调整膳食炎症指数(energy-density dietary inflammatory index,EDII)和衰弱指数(frailty index,FI)评价其膳食炎症及衰弱状况,logistic回归分析模型分析膳食炎症与衰弱的关系。结果衰弱前期及衰弱患病率分别为50.65%和8.98%,男性、维吾尔族、文化程度低、家庭年均收入低、单身及体力活动少人群衰弱及衰弱前期患病率较高。EDII与衰弱和衰弱前期均相关,调整性别、民族、家庭年均收入、婚姻状况及体力活动后,随着EDII评分增大衰弱前期和衰弱患病风险有上升趋势(均P趋势<0.05),EDII按三分位数分组的T2、T3组衰弱前期和衰弱患病风险分别是T1组的1.37倍(95%CI:1.04~1.82,P=0.027)和2.18倍(95%CI:1.26~3.76,P=0.005)、1.32倍(95%CI:1.02~1.72,P=0.036)和2.17倍(95%CI:1.28~3.68,P=0.004)。结论膳食炎症与衰弱前期及衰弱相关,膳食可能通过炎症效应参与衰弱的发生发展。

关键词：新疆农村居民膳食炎症衰弱

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基于多组学数据的透明细胞肾细胞癌预后分子分型研究

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中华疾病控制杂志 2022年第3期26卷 315-324页

作者：魏亿芳李灵梅李治房瑞玲曹红艳崔跃华山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室太原030001 山西医科大学附属太原中心医院血液科太原030001 山西医科大学公共卫生学院重大疾病风险评估山西省重点实验室太原030001 美国密西根州立大学统计与概率系东兰辛MI48824

目的探讨关联-信号-注释增强的相似网络融合(association-signal-annotation boosted similarity network fusion,ab-SNF)方法在透明细胞肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)多组学数据整合分子分型中的应用,识别ccRCC不良预后患者,研究不同分型患者的潜在致病基因、通路活性及相关免疫浸润细胞。方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载ccRCC的miRNA、mRNA表达数据及DNA甲基化数据。利用ab-SNF对ccRCC患者多组学数据进行整合分型;采用Cox回归分析模型研究不同分型患者的预后风险;针对不同分型,筛选差异表达mRNA(DEmRNAs)、miRNA(DEmiRNAs)及差异甲基化基因(differentially methylated genes,DMGs),并对重合基因进行相关分析与基因本体(gene ontology,GO)富集分析;最后对不同分型患者进行免疫细胞浸润和通路活性分析。结果ab-SNF将ccRCC患者分为低危组和高危组,其中高危组患者的死亡风险是低危组的1.903倍;筛选出5218个DEmRNAs,107个DEmiRNAs及2625个DMGs。其中,20个差异表达基因受到DEmiRNA调控,567个基因差异表达的同时伴有异常甲基化;588个重合基因富集于有统计学意义的10个GO生物项。此外,筛选出有统计学意义的6种免疫浸润细胞和9条通路。结论ab-SNF能够有效地识别ccRCC亚型,筛选出的ccRCC潜在致病基因、重要通路及相关免疫浸润细胞,可为ccRCC靶向治疗提供新的参考。

关键词：多组学数据透明细胞肾细胞癌 ab-SNF 分子亚型

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营养状态和认知功能对PD患者日常生活能力的作用机制探索——基于中介效应和调节效应

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现代预防医学 2021年第21期48卷 4001-4005+4011页

作者：韩敏秦瑶葛晓燕韩红娟崔靖余红梅山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室锦州医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室山西医科大学基础医学院数学教研室重大疾病风险评估山西省重点实验室

目的探讨营养状态和认知功能对PD患者日常生活能力的影响机制。方法收集某院365例PD患者资料;采用简易营养评估量表(Mini Nutritional Assessment, MNA)、简易精神状态量表(Mini-Mental State Examination, MMSE)和统一帕金森病评分量表... 详细信息

目的探讨营养状态和认知功能对PD患者日常生活能力的影响机制。方法收集某院365例PD患者资料;采用简易营养评估量表(Mini Nutritional Assessment, MNA)、简易精神状态量表(Mini-Mental State Examination, MMSE)和统一帕金森病评分量表(Unified Parkinson’s Disease Rating Scale, UPDRSⅡ)分别评估PD患者的营养状态、认知功能和日常生活能力。采用Bootstrap法进行中介效应检验;采用协方差分析和简单效应分析检验调节效应。采用近似误差均方根(root-mean-square error of approximation, RMSEA)、赤池信息量准则(Akaike information criterion, AIC)、一致性赤池信息量准则(consistent Akaike information criterion, CAIC)和期望交叉验证指数(expected cross-validation index, ECVI)指标评估中介效应和调节效应模型的性能。结果中介效应结果:路径MNA→MMSE→UPDRSⅡ的中介效应无统计学意义Z=-1.83(P=0.067),β=-0.079, 95%CI(-0.164～0.006);路径MMSE→MNA→UPDRSⅡ的中介效应有统计学意义Z=-2.33(P<0.001),β=-0.106, 95%CI(-0.195～-0.017),中介效应占比为16.48%。调节效应结果:MMSE和MNA交互效应系数为β=-12.792(P=0.013),95%CI(-22.845～-2.740),t=-2.500。简单效应结果:潜在营养不良时,认知障碍组比认知正常组UPDRSⅡ评分平均高2.553分,95%CI为1.008～4.099;营养不良时,认知障碍组比认知正常组UPDRSⅡ评分平均高7.780分,95%CI为6.838～8.723。出现营养不良时,认知障碍与认知正常组的差值有统计学意义F=36.557(P<0.001),潜在营养不良时候,认知障碍与认知正常组的差值无统计学意义F=2.829(P>0.05)。结论 MMSE→MNA→UPDRSⅡ的中介路径成立,但是中介效应较弱;PD发展机制中,营养状态介导并调节了认知功能对PD患者日常生活能力的影响。

关键词：帕金森病营养状态认知功能日常生活能力调节效应中介效应

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基于生物信息学筛选区分人类免疫缺陷病毒感染和人类免疫缺陷病毒/结核分枝杆菌共感染的基因表达特征

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疾病监测 2024年第10期39卷 1308-1313页

作者：王龙昊吕恒梁徐元勇张文义陆军军医大学军事预防医学系军队卫生统计学教研室重庆400038 中国医科大学公共卫生学院流行病学教研室辽宁沈阳110000 中国人民解放军疾病预防控制中心北京100071

目的筛选用于区分人类免疫缺陷病毒(HIV)感染和HIV/结核分枝杆菌(MTB)共感染的外周血潜在的基因表达特征。方法首先从基因表达总览(GEO)数据库下载数据集GSE50834,分为HIV感染患者和HIV/MTB共感染患者两组进行差异分析,将差异表达基因(D... 详细信息

目的筛选用于区分人类免疫缺陷病毒(HIV)感染和HIV/结核分枝杆菌(MTB)共感染的外周血潜在的基因表达特征。方法首先从基因表达总览(GEO)数据库下载数据集GSE50834,分为HIV感染患者和HIV/MTB共感染患者两组进行差异分析,将差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,然后构建蛋白质相互作用网络(PPI)并筛选关键基因,通过受试者工作特征(ROC)曲线分析关键基因的诊断价值,以及通过加权基因共表达网络(WGCNA)分析进行验证,从而得到有价值的基因表达特征。结果共筛选得到100个DEGs,其中上调基因58个,下调基因42个。GO功能注释显示,DEGs主要集中在炎症反应、细胞质膜和与碳水化合物结合等功能;KEGG通路富集分析显示,DEGs主要集中在补体凝血级联和趋化因子信号通路。从PPI网络获得4个关键基因,ROC分析显示均有较高的诊断价值,在WGCNA连接度较高的基因集中找到了CXC基序趋化因子配体2(CXCL2)、前血小板碱性蛋白(PPBP)和CXC基序趋化因子配体10(CXCL10)基因。结论CXCL2、PPBP和CXCL10基因可以作为区分HIV感染和HIV/MTB共感染重要的基因表达特征,为相关生物标志物的探索提供一定的思路。

关键词：人类免疫缺陷病毒结核分枝杆菌共感染生物信息学基因表达特征

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