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生命科学 2021年第4期33卷 407-418页

作者：傅美贤龙健儿复旦大学基础医学院病原生物学系医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室上海200032

核糖体进入位点(internal ribosome entry sites,IRES)常见于许多正链RNA病毒基因组以及部分细胞基因。在营养缺乏、内质网应激、缺氧和病毒感染等不利条件下,细胞翻译也能够从经典的帽子依赖型翻译转换为依赖于IRES的翻译机制。事实上,... 详细信息

核糖体进入位点(internal ribosome entry sites,IRES)常见于许多正链RNA病毒基因组以及部分细胞基因。在营养缺乏、内质网应激、缺氧和病毒感染等不利条件下,细胞翻译也能够从经典的帽子依赖型翻译转换为依赖于IRES的翻译机制。事实上,自IRES被发现以来,其相关的翻译机制调控被认为是病毒感染的关键步骤,对病毒毒力、组织靶向性和致病性具有重要作用。因此,研究IRES的结构及其功能有助于揭示病毒致病的机制,对发展有效的病毒预防或控制策略具有重要意义。该文主要对RNA病毒中目前发现的IRES结构、类型及其相关的反式调控因子和作用机制作一综述。

关键词： IRES依赖型蛋白翻译 IRES结构 IRES反式调控因子

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一种新乙型肝炎病毒表型耐药分析方法的建立

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中华传染病杂志 2014年第5期32卷 257-262页

作者：李新艳陈良马张妹毛日成黄玉仙张继明上海市公共卫生临床中心肝病科 201508 复旦大学上海医学院教育部、卫生部医学分子病毒学重点实验室复旦大学附属华山医院感染科

目的建立一种新的、简便的HBV表型耐药分析方法,通过置换完整的反转录酶（RT）区研究药物敏感性.方法首先全基因扩增未经核苷（酸）类似物治疗患者的HBV DNA,构建含HBV野毒株全基因组表达质粒PHY536207（B基因型）及PHY97（C基因型）... 详细信息

目的建立一种新的、简便的HBV表型耐药分析方法,通过置换完整的反转录酶（RT）区研究药物敏感性.方法首先全基因扩增未经核苷（酸）类似物治疗患者的HBV DNA,构建含HBV野毒株全基因组表达质粒PHY536207（B基因型）及PHY97（C基因型）,继而在RT区上、下游设计限制酶切位点,改造后的质粒分别命名为mPHY536207及mPHY97.以CHB患者血清中分离到的拉米夫定（LAM）耐药变异株和阿德福韦酯（ADV）耐药变异株为骨架,分别构建LAM耐药株质粒PHY634和ADV耐药株质粒PHY6923,再用耐药株的RT区段取代mPHY536207中的RT区构建重组质粒,命名为RT634（LAM耐药）及RT6923（ADV耐药）.分别用RT区置换前、后的质粒转染Huh7细胞,用ELISA法检测分泌到细胞上清液中的HBsAg水平,用实时PCR和Southern印迹法检测细胞内HBVDNA水平.结果成功构建B型和C型野毒株表达质粒PHY536207和PHY97,经转染Huh7细胞证实有HBV复制能力,6孔细胞培养板中每孔细胞所抽提的HBV DNA均＞1＆#215;107拷贝/mL;在RT区上游设计的Pst Ⅰ酶切位点不影响HBV的表型（HBsAg的表达及HBV DNA的复制）.在PHY634及RT634转染实验中,HBV DNA水平却并未随LAM浓度的升高而明显下降,50％抑制浓度（IC50）＞100 μmol/L,mPHY536207仅为0.18 μmol/L;PHY6923及RT6923转染实验中,HBV DNA对外加的ADV不敏感,IC50＞100 μmol/L,明显高于mPHY536207（1.2 μmol/L）.结论本研究建立了一种新的HBV表型耐药分析方法,可通过RT区置换来研究RT区变异对药物敏感性的影响.

关键词：肝炎病毒,乙型 RNA指导的DNA聚合酶抗药性表型

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trap基因表达在表皮葡萄球菌生物膜形成及附属基因调节(agr)系统活化中的作用

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复旦学报（医学版） 2006年第5期33卷 580-586页

作者：朱于莉杨晓梅李娜江娟陈洁敏秦智强李敏吕元魏武瞿涤复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032 复旦大学蛋白质组学研究中心上海200032 复旦大学附属华山医院检验医学中心上海200040 上海生物信息技术研究中心上海200235

目的研究表皮葡萄球菌trap基因表达与生物膜形成的相关性及其对agr系统的活化作用。方法采用微量板半定量法检测表皮葡萄球菌生物膜表型,二维电泳和高灵敏度的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱分析比较表皮葡萄球菌标准株蛋白质表达谱,... 详细信息

目的研究表皮葡萄球菌trap基因表达与生物膜形成的相关性及其对agr系统的活化作用。方法采用微量板半定量法检测表皮葡萄球菌生物膜表型,二维电泳和高灵敏度的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱分析比较表皮葡萄球菌标准株蛋白质表达谱,实时定量逆转录PCR检测trap基因和RNAⅢ的转录水平,CLUSTAL X对表皮葡萄球菌trap基因与金黄色葡萄球菌序列进行分析,Mega软件构建进化树。结果比较分析形成生物膜的表皮葡萄球菌ATCC 35984株与不形成生物膜的ATCC 12228株生长中期的蛋白质组,发现ATCC 35984株的TRAP蛋白量明显高于ATCC 12228株。转录水平的检测显示ATCC 12228株和生物膜阳性临床SE1457、SE671株的trap基因均低转录,但RNAⅢ的转录水平未降低。SE1457株agr系统突变后,RNAⅢ的转录明显降低,trap基因的转录无变化。RNAⅢ的转录随细菌生长变化而增加,trap基因转录保持不变。trap序列分析显示其在表皮葡萄球菌与金黄色葡萄球菌中较为保守,但存在明显的进化距离。结论在本论文所研究的表皮葡萄球菌菌株中,trap基因的转录和翻译与细菌生物膜的形成不存在直接的调控相关性;并提示TRAP蛋白不是表皮葡萄球菌agr系统活化所必需的细菌产物;表皮葡萄球菌trap基因序列与金黄色葡萄球菌之间存在差异,可能与其功能差异相关。

关键词：表皮葡萄球菌 trap基因附属基因调节系统 RNAⅢ 生物膜

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乙肝病毒表面抗原持续表达的新致病机制

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生命科学 2010年第11期22卷 1097-1101页

作者：赵超田晓晨闻玉梅复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室复旦大学生物医学研究院上海200032

乙型肝炎表面抗原(HBsAg)持续阳性是控制乙肝中难以解决的重大问题。本研究通过揭示HBsAg致病机制的基础研究,寻找抑制或清除HBsAg的新途径。通过建立有可比性的HBsAg转基因鼠和稳定表达细胞系及相应对照,进行比较转录组学和蛋白质组学... 详细信息

乙型肝炎表面抗原(HBsAg)持续阳性是控制乙肝中难以解决的重大问题。本研究通过揭示HBsAg致病机制的基础研究,寻找抑制或清除HBsAg的新途径。通过建立有可比性的HBsAg转基因鼠和稳定表达细胞系及相应对照,进行比较转录组学和蛋白质组学研究,发现了HBsAg在HBV慢性感染中的一些新致病机制。其中包括:HBsAg促进肝细胞内CypA分泌,后者可趋化炎症细胞在HBsAg阳性灶周围浸润;在细胞模型中,HBsAg分泌可引起胞内GRP78蛋白下降,导致肝细胞抗凋亡能力减弱;发现HBsAg在细胞中可上调截短的LEF1基因的表达,缺乏活化全长LEF1促成瘤和增殖活性;而肝癌组织中LEF1则倾向于核内分布,并活化Wnt下游基因Cyclin D1与c-myc,有促肿瘤活性。在转基因鼠和细胞模型中都发现了物质和能量代谢相关的基因发生变化,并与临床慢性乙肝患者表现相符。研究中有关CypA的发现提供了抑制HBsAg的新途径;有关代谢的变化提出了改变饮食内容与习惯可能有利于HBsAg阳性感染者的预后。

关键词：乙肝病毒表面抗原致病机制慢性感染

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结核分枝杆菌新型抗原Rv3117联合DDA/MPL佐剂作为亚单位疫苗在小鼠体内的免疫评估

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上海交通大学学报（医学版） 2015年第1期35卷 1-7页

作者：叶娟高孟哲张舒林陈力孙战强复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学实验室上海200032 上海交通大学基础医学院免疫学与微生物学系上海200025 郑州大学医学实验中心郑州450006 复旦大学生命科学院上海200433

目的用结核分枝杆菌(***)特异性抗原Rv3117联合双十八烷基二甲基溴化铵(DDA)/单磷酰脂质体A(MPL)佐剂构建结核亚单位疫苗(Rv3117/DDA/MPL),并在C57BL/6小鼠体内评估其加强卡介苗(BCG)首次免疫后的免疫效应。方法采用分子克隆方法构建重... 详细信息

目的用结核分枝杆菌(***)特异性抗原Rv3117联合双十八烷基二甲基溴化铵(DDA)/单磷酰脂质体A(MPL)佐剂构建结核亚单位疫苗(Rv3117/DDA/MPL),并在C57BL/6小鼠体内评估其加强卡介苗(BCG)首次免疫后的免疫效应。方法采用分子克隆方法构建重组质粒p ET32a-Rv3117,转入感受态大肠埃希菌BL21(DE3)PLys S,诱导表达并纯化目的蛋白,用Triton X-114相分离法去除目的蛋白中的内毒素,然后与DDA/MPL佐剂充分乳化构建亚单位疫苗。C57BL/6小鼠随机分为对照组(未予任何处理)、PBS组(免疫PBS)、BCG组(单纯首次免疫BCG)、BCG+DDA/MPL组(首次免疫BCG,2周后用佐剂DDA/MPL加强免疫2次)和BCG+Rv3117/DDA/MPL组(首次免疫BCG后用亚单位疫苗Rv3117加强免疫2次),每组5只。分别采用酶联免疫斑点检测(ELISPOT)和酶联免疫吸附测定(ELISA)技术对免疫小鼠的细胞免疫和体液免疫进行评估。结果成功克隆表达并纯化结核特异性抗原Rv3117。ELISPOT和ELISA结果显示:受10.0μg/m L结核菌素纯化衍生蛋白(PPD)刺激后,与对照组、PBS组、BCG组和BCG+DDA/MPL组比较,BCG+Rv3117/DDA/MPL组小鼠T细胞产生γ干扰素(IFN-γ)的水平明显升高(P<0.05);BCG+DDA/MPL组培养上清液中肿瘤坏死因子(TNF-α)、白介素6(IL-6)、白介素12(IL-12p70)细胞因子水平均显著高于对照组和PBS组(P<0.05),总抗体Ig G和Ig G1亚型水平亦较高;而BCG+Rv3117/DDA/MPL组上述指标水平均显著优于BCG+DDA/MPL组(P<0.05)。结论亚单位疫苗Rv3117/DDA/MPL在C57BL/6小鼠体内可增强BCG的细胞免疫和体液免疫效应。结核分枝杆菌特异性抗原Rv3117有望成为新的结核疫苗设计及结核诊断的候选抗原。

关键词：结核分枝杆菌 Rv3117 亚单位疫苗体液免疫细胞免疫

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慢性乙型肝炎患者外周血中HBV特异性CD3^+T细胞的研究

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中华传染病杂志 2002年第5期20卷 270-273页

作者：张继明姚忻孙淑惠何丽芳翁心华闻玉梅复旦大学附属华山医院传染病科复旦大学医学院卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200040

目的　研究慢性乙型肝炎患者外周血中可作用于病毒感染靶细胞的特异性CD3+ T细胞比率。方法　筛选HLA A2 患者 :将MHC :Ig双体融合蛋白试剂 ,加入HBV核心蛋白 (C)、聚合酶蛋白 (P)及表面抗原蛋白 (S)中HLA A2 限制性合成肽 ,与患者CD3+... 详细信息

目的　研究慢性乙型肝炎患者外周血中可作用于病毒感染靶细胞的特异性CD3+ T细胞比率。方法　筛选HLA A2 患者 :将MHC :Ig双体融合蛋白试剂 ,加入HBV核心蛋白 (C)、聚合酶蛋白 (P)及表面抗原蛋白 (S)中HLA A2 限制性合成肽 ,与患者CD3+ 细胞作用 ,采用双重荧光抗体染色 ,用FACS检测各患者的特异性T细胞比率 ,同时设立各种对照管。结果　 2 3/ 5 4例 (42 .6 % )患者为HLA A2 。其中 15例经用HBVC、P、S肽染色后 ,5例患者的特异性CD3+ 阳性细胞比率高于对照管 ,4例患者有结合S肽的特异性CD3+ 细胞 ,其中 1例同时可结合P肽 ,1例仅与P肽结合。结论　慢性乙型肝炎患者外周血中与特异性肽结合的CD3+ T细胞比率较少。MHC :Ig双体融合蛋白技术使用方便 ,但非特异性染色率偏高。

关键词：慢性乙型肝炎外周血 HBV特异性CD3^+T细胞

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异质性耐药对结核分枝杆菌表型和基因型耐药检测结果的影响

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中华结核和呼吸杂志 2014年第4期37卷 260-265页

作者：高旭李静柳清云沈鑫梅建高谦复旦大学上海医学院教育部医学分子病毒学重点实验室 200032 上海市疾病预防控制中心结核病防治科

目的研究异质性耐药对MTB基因型耐药检测结果的影响.方法选择上海市疾病预防控制中心在2009年收集的80株氧氟沙星临床耐药菌株,利用基因测序检测菌株在gyrA和gyrB耐药决定区的基因突变情况,再用分子克隆和荧光定量PCR探针熔解曲线法,... 详细信息

目的研究异质性耐药对MTB基因型耐药检测结果的影响.方法选择上海市疾病预防控制中心在2009年收集的80株氧氟沙星临床耐药菌株,利用基因测序检测菌株在gyrA和gyrB耐药决定区的基因突变情况,再用分子克隆和荧光定量PCR探针熔解曲线法,分析经基因测序未检测到耐药突变的菌株中是否存在异质性耐药现象.结果基因测序报告显示,80株氧氟沙星耐药菌株中有15株未发现已知gyrA或gyrB耐药决定区的基因突变.测序图谱及分子克隆和探针熔解曲线法分析结果表明,其中14株菌株含有已知gyrA耐药突变,即存在异质性耐药现象.纳入异质性耐药的菌株后,基因型与表型耐药检测的符合率从81.3％（65/80）提高到98.8％（79/80）.结论异质性耐药是导致表型和基因型耐药检测结果不符的重要原因.为排除异质性耐药对耐药基因检测的影响,提高基因型与表型耐药检测结果的一致性,需要开发应用更敏感的基因型耐药检测技术,以提高耐药结核病快速检测水平.

关键词：分枝杆菌结核遗传异质性耐药快速检测

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卡介菌多糖核酸免疫治疗结核病小鼠的实验研究

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复旦学报（医学版） 2005年第5期32卷 513-516,F0002页

作者：任涛蔡映云金美玲李传友袁正宏田苗赵冰复旦大学附属中山医院呼吸病研究所北京市结核病胸部肿瘤研究所北京101149 复旦大学上海医学院医学分子病毒学教育部/卫生部重点实验室上海200032

目的观察卡介菌多糖核酸(BCGPSN)对结核分枝杆菌感染小鼠的免疫保护作用及其免疫学机制。方法将BALB/c小鼠48只随机分成BCGPSN免疫治疗组和结核菌感染对照组,每组24只。两组小鼠制成结核分枝杆菌感染模型。感染后1周,每天分别腹腔内注射... 详细信息

目的观察卡介菌多糖核酸(BCGPSN)对结核分枝杆菌感染小鼠的免疫保护作用及其免疫学机制。方法将BALB/c小鼠48只随机分成BCGPSN免疫治疗组和结核菌感染对照组,每组24只。两组小鼠制成结核分枝杆菌感染模型。感染后1周,每天分别腹腔内注射BCGPSN(10mg/kg)或生理盐水(10mL/kg),连续7d。感染后3周和4周每组处死12只小鼠,检测小鼠体重以及肺、脾脏湿重,观察肺脏病理改变,取肺、脾组织进行结核菌培养和菌落计数,用real-timePCR法测定肺、脾组织IFNγmRNA、IL10mRNA和IL4mRNA的表达。结果感染后4周,治疗组小鼠体重和脾脏重量高于对照组,肺脏重量低于对照组,且肺部病变较轻。感染后3周和4周,治疗组小鼠肺、脾组织结核菌落均低于对照组,小鼠肺组织IFNγmRNA表达与对照组无差别,IL10mRNA和IL4mRNA的表达低于对照组。感染后3周,治疗组小鼠脾组织IFNγmRNA表达与对照组相似;感染后4周,脾组织治疗组脾组织IFNγmRNA的表达高于对照组。感染后3周和4周,IL10mRNA和IL4mRNA的表达低于对照组。结论BCGPSN可减轻结核病小鼠体重下降,减少结核病小鼠肺和脾脏结核菌数量,并增强Th1型免疫反应。

关键词：卡介菌多糖核酸分枝杆菌结核细胞因子

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结核病空间流行病学研究进展

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中华流行病学杂志 2010年第10期31卷 1188-1191页

作者：孙果梅高谦彭文祥复旦大学上海医学院教育部医学分子病毒学重点实验室复旦大学生物医学研究院上海200032 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室公共卫生安全教育部重点实验室

结核病在全球范围内仍然是一个严重的公共卫生问题,我国是全球22个结核病高负担国家之一,据WHO报告,2007年全球共有927万结核病新发病例,其中我国约为130万[1].正确认识结核病流行传播规律对制定切实有效的控制措施具有重要意义,但由于... 详细信息

结核病在全球范围内仍然是一个严重的公共卫生问题,我国是全球22个结核病高负担国家之一,据WHO报告,2007年全球共有927万结核病新发病例,其中我国约为130万[1].正确认识结核病流行传播规律对制定切实有效的控制措施具有重要意义,但由于结核病具有潜伏感染等特点,使人们对其传播流行规律的认识还很不全面.

关键词：结核病空间流行病学聚集性分析

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表皮葡萄球菌双组分信号转导系统saeRS对相关蛋白调控的研究

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西安交通大学学报（医学版） 2012年第6期33卷 680-684页

作者：娄强王艳歌瞿涤河南大学医学院细胞与分子免疫学实验室河南开封475004 河南大学医学院细胞生物学教研室河南开封475004 复旦大学上海医学院教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032

目的利用双向电泳技术对表皮葡萄球菌菌体蛋白进行蛋白质组学分析,寻找双组分信号转导系统saeRS的调控网络。方法对表皮葡萄球菌1457双组分信号转导系统saeRS删除株与野生株菌体蛋白进行双向电泳差异比较;电泳图谱采用Image Master 2DPl... 详细信息

目的利用双向电泳技术对表皮葡萄球菌菌体蛋白进行蛋白质组学分析,寻找双组分信号转导系统saeRS的调控网络。方法对表皮葡萄球菌1457双组分信号转导系统saeRS删除株与野生株菌体蛋白进行双向电泳差异比较;电泳图谱采用Image Master 2DPlatinum软件分析;免疫印迹法验证saeRS调控的差异蛋白。结果在表皮葡萄球菌1457双组分信号转导系统saeRS删除株与野生株蛋白质图谱中共发现23个差异表达的蛋白点(10个下调,13个上调)。结论蛋白质双向电泳技术可以成功应用于分析表皮葡萄球菌双组分信号转导系统saeRS的调控网络;此图谱为进一步研究saeRS在表皮葡萄球菌中的调控机制奠定了基础。

关键词：表皮葡萄球菌双组分信号转导系统 saeRS 蛋白质组双向电泳

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