目的研究敲减LMNA基因(编码lamin A/C)对肾癌细胞786-O的基因表达谱的影响,从而探讨LMNA在肾癌发生发展中的分子机制。方法在完全培养基RPMI 1640中培养肾癌细胞系786-O,将siRNA(siControl、siLMNA-2)转染786-O细胞,72 h后收集细胞,提取RNA,建立cDNA文库并利用Illumina测序平台进行RNA测序(RNA-seq)。测序结果经联川生物平台分析,鉴定DEGs。细胞经siControl、siLMNA-1、siLMNA-2转染后对部分基因进行实时荧光定量PCR(qPCR)验证。DEGs经Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Gnomes(KEGG)富集分析,并探讨了部分DEGs在临床样本中的表达水平与总生存期(Overall survival,OS)的相关性。结果鉴定到89个DEGs,46个上调,43个下调。GO分析表明转录调控(Regulation of transcription,DNA-templated)、肽修饰(Peptide modification)、真核生物的核糖体生物发生(Ribosome biogenesis in eukaryotes)、牛磺酸和低牛磺酸代谢(Taurine and hypotaurine metabolism)等显著富集。部分受LMNA调控的DEGs如MIEF1、UTP14C、SPIN1等基因在临床标本中较低表达,并与较差的OS相关。结论LMNA基因除了编码lamin A/C作为核纤层主要成分起着核骨架的作用外,还可能通过影响MIEF1、UTP14C、SPIN1等基因的表达,参与到肾细胞癌的发生发展过程。这些基因产物有可能为临床上LMNA扩增或高表达的病人类型,提供诊断标志和潜在的药物靶标。
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