检索结果-内蒙古大学图书馆

免疫学杂志 2023年第4期39卷 341-347页

作者：张静李青峰汪琪朱珊丽陈韶张丽芳温州医科大学微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所 325035

目的筛选人乳头瘤病毒16型(HPV16)E5蛋白多表位肽段,并评估其诱导小鼠产生特异性体液免疫和细胞免疫的免疫原性反应。方法通过Uniprot获得HPV16 E5蛋白的氨基酸序列,采用EXPASY和SYFPEITHI等软件预测HPV16 E5蛋白的表位,筛选出富含B细胞... 详细信息

目的筛选人乳头瘤病毒16型(HPV16)E5蛋白多表位肽段,并评估其诱导小鼠产生特异性体液免疫和细胞免疫的免疫原性反应。方法通过Uniprot获得HPV16 E5蛋白的氨基酸序列,采用EXPASY和SYFPEITHI等软件预测HPV16 E5蛋白的表位,筛选出富含B细胞和CTL表位的氨基酸肽段——HPV16 E5蛋白N端处aa28-46(LIRPLLLSVSTYTSLIILV),进一步用该多表位肽免疫C57BL/6小鼠,评估其诱导产生特异性体液免疫和细胞免疫的反应。结果该肽段可诱导小鼠产生较高水平的特异性IgG抗体,且抗体滴度随着免疫次数增加而升高,同时可诱导小鼠产生特异性的CTL反应,在效靶比为40∶1时,对靶细胞产生显著的特异性杀伤作用。结论HPV16 E5蛋白多表位肽aa28-46(LIRPLLLSVSTYTSLIILV)具有良好的免疫原性,可为基于HPV16 E5蛋白的疫苗研究提供基础。

关键词： HPV16型 E5蛋白多表位免疫原性

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沙眼衣原体Pgp3多克隆抗体的制备及鉴定

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温州医科大学学报 2024年第3期54卷 184-189页

作者：周璐琪杨佳李洋朱珊丽温州医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所浙江温州325035

目的:制备沙眼衣原体(Ct)Pgp3蛋白的兔多克隆抗体,并检测其生物学功能。方法:采用原核表达系统制备Pgp3蛋白,通过镍柱亲和纯化Pgp3蛋白并进行复性。将复性的Pgp3蛋白经皮下多点注射免疫家兔制备兔多克隆抗体,利用ELISA和Western blot法... 详细信息

目的:制备沙眼衣原体(Ct)Pgp3蛋白的兔多克隆抗体,并检测其生物学功能。方法:采用原核表达系统制备Pgp3蛋白,通过镍柱亲和纯化Pgp3蛋白并进行复性。将复性的Pgp3蛋白经皮下多点注射免疫家兔制备兔多克隆抗体,利用ELISA和Western blot法检测抗体的效价和特异性。随后建立Ct感染HeLa细胞模型,通过间接免疫荧光法和非变性Western blot法检测兔多克隆抗体对天然Pgp3蛋白的特异性识别能力。结果:Pgp3重组蛋白成功诱导表达,且主要以包涵体形式存在。ELISA显示制备的兔多克隆抗体效价可达1:512000,Western blot法和间接免疫荧光法显示Pgp3兔多克隆抗体可以特异性识别重组及天然Pgp3蛋白。结论:制备的Pgp3多克隆抗体效价高,能特异性识别重组Pgp3蛋白及天然Pgp3蛋白,为Pgp3蛋白功能的研究及Ct免疫制剂的研发等奠定基础。

关键词：沙眼衣原体多克隆抗体 Pgp3

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新型冠状病毒PLpro蛋白酶结构与功能的生物信息学分析

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病毒学报 2021年第1期37卷 43-51页

作者：杜倩倩张智慧廉政张庆媛薛向阳张丽芳蒋朋飞温州医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所温州325035 温州医科大学病毒研究院温州325035

2019年12月,由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在中国武汉暴发。SARS-CoV-2的基因组编码2种病毒蛋白酶,即木瓜样蛋白酶(Papain-like protease,PLpro)和3C样蛋白酶(3C-like protease)。其中PLpro是SARS-CoV-2复制酶复合体(RC)形成的重要调节蛋白分子,对于病毒基因组转录和复制至关重要。因此,将SARS-CoV-2 PLpro作为药物的靶点对COVID-19的治疗具有积极意义。本研究应用生物信息学工具分析新型冠状病毒的木瓜样蛋白酶的结构和功能,首先利用BLAST和BioEdit获取SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶(SC2-PLpro)及其同源蛋白的氨基酸序列,并利用BLAST和MEGA 6.0进行同源性分析。之后,利用ProParam和Proscale分别对SC2-PLpro蛋白酶的理化性质、亲水性和疏水性进行分析。然后,通过SOMPA、ScanProsite和InterPro分别预测SC2-PLpro蛋白酶的二级结构和功能区域,进一步利用SignalP 4.0和TMHMM对SC2-PLpro蛋白酶的信号肽和跨膜区进行分析。最后,通过SWISS-MODEL对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶进行三级结构同源建模。结果显示,对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶与已报道的PLpro蛋白酶进行多序列比对后,发现SARS-CoV-2 nsp3的746~1063段氨基酸与多种冠状病毒PLpro蛋白酶氨基酸序列高度相似。同时,同源性分析发现SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒的PLpro蛋白酶具有同源性,其中与QHR63299、AVP78030相似性最高。对SC2-PLpro进行理化性质预测结果显示,其由318个氨基酸所组成,为稳定亲水性蛋白。二级结构预测结果显示SC2-PLpro主要含有α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲,四种结构贯穿整条氨基酸链。进一步进行功能分析,发现其具有完整的催化三联体、锌结合域、泛素样N末端结构域,故推测该蛋白具有去泛素化的功能。然后,信号肽假说和跨膜结构域分析结果表明,SC2-PLpro既不是分泌蛋白,也不属于跨膜蛋白。本研究提示,生物信息学分析SC2-PLpro为稳定性亲水蛋白,属于非跨膜蛋白,比较保守,具有去泛素化的功能,利用此功能可以进一步规避宿主的固有免疫反应。通过制备PLpro蛋白酶小分子抑制剂,可能有助于治疗新型冠状病毒肺炎。

关键词：新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 木瓜样蛋白酶(PLpro蛋白酶) 结构功能生物信息学新型冠状病毒肺炎(COVID-19)

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甲基转移酶样因子3在结肠癌中高表达并促进结肠癌细胞恶性表型

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温州医科大学学报 2023年第11期53卷 889-895,904页

作者：项益岚胡渊博黄婷婷陈谢滔陈琛斌卢明东温州医科大学附属第一医院放射科浙江温州325015 温州医科大学附属第二医院育英儿童医院胃肠外科浙江温州325027 温州医科大学微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所浙江温州325035

目的:研究甲基转移酶样因子3(METTL3)在结肠癌患者中的表达特征及其与临床预后相关性,并探讨METTL3表达对结肠癌细胞不同生物学表型的影响。方法:综合分析癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库和4个不同来源的基因表达数据库(GEO)数据集中127... 详细信息

目的:研究甲基转移酶样因子3(METTL3)在结肠癌患者中的表达特征及其与临床预后相关性,并探讨METTL3表达对结肠癌细胞不同生物学表型的影响。方法:综合分析癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库和4个不同来源的基因表达数据库(GEO)数据集中1278例结肠癌组织和41例癌旁组织中METTL3基因的表达差异;使用Kaplan-Meier曲线分析METTL3表达高低对患者预后的影响。回顾性收集2014—2018年温州医科大学附属第一医院行根治性手术的481例结肠癌组织和59例癌旁组织,使用免疫组化法检测METTL3蛋白的表达差异。采用小干扰RNA(siRNA)分别敲低结肠癌细胞系DLD-1和HCT-116中METTL3的表达水平;采用CCK-8法和Transwell法检测METTL3表达对结肠癌细胞系不同恶性表型的影响。结果:在TCGA数据库和本中心结肠癌组织标本中,METTL3在肠癌组织中的表达均升高(P<0.001)。生存分析结果显示,METTL3高表达与结肠癌患者较短的总生存期(Log-rank P=0.028)和无病生存期(Log-rank P=0.035)相关。单因素和多因素Cox分析结果显示,METTL3可以作为结肠癌患者预后的独立危险因素(HR=1.335,95%CI=1.032~1.738,P=0.030)。同时,敲低METTL3的表达可以显著抑制结肠癌细胞DLD-1和HCT-116的增殖(P<0.01)和迁移侵袭能力(P<0.01)。结论:METTL3在结肠癌组织中表达上调,并可以作为结肠癌患者不良预后的独立因素。敲低METTL3表达可以抑制结肠癌细胞恶性表型。METTL3可能作为致癌基因参与结肠癌恶性进展。

关键词：甲基转移酶样因子3 结肠肿瘤预后细胞增殖肿瘤浸润

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基于NK相关基因的急性髓细胞白血病预后风险评估模型的建立

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温州医科大学学报 2024年第7期54卷 563-573页

作者：梅殿凤项丹毛晨晨周海霞薛向阳朱珊丽温州医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所浙江温州325035 温州医科大学附属第二医院育英儿童医院儿科研究室温州市儿童血液肿瘤疾病研究重点实验室浙江温州325027

目的:通过分析NK细胞相关基因(NRGs)在急性髓细胞白血病(AML)中的表达模式及其与预后的关系,构建新型风险评分模型以评估AML患者的预后。方法:基于生物信息学的方法下载TCGA数据库中AML转录组数据。根据NRGs的表达不同,通过无监督聚类将... 详细信息

目的:通过分析NK细胞相关基因(NRGs)在急性髓细胞白血病(AML)中的表达模式及其与预后的关系,构建新型风险评分模型以评估AML患者的预后。方法:基于生物信息学的方法下载TCGA数据库中AML转录组数据。根据NRGs的表达不同,通过无监督聚类将AML患者分组,并分别分析不同亚组AML患者的生存差异、基因功能富集情况和免疫相关分析。根据亚组的差异表达基因,通过Cox生存分析以及LASSO回归分析构建基于NRGs的预后评估模型。最后收集AML患者的骨髓样本进行转录组测序,进一步验证预后评估模型中各基因与AML的相关性。结果:单因素Cox筛选与预后相关的NRGs,并根据其表达情况将AML患者分成3个亚组。生存分析以及富集分析、免疫浸润分析、免疫检查点分析均发现亚组2具有更好的临床预后,并且免疫微环境明显重塑。进一步根据三个亚组的差异表达基因,通过Cox联合LASSO回归分析构建风险评分模型,此风险评分模型与AML的临床预后显著相关。临床病例的转录组测序结果表明,风险模型的6个AML危险基因中,ADGRG1、LSP1、PDE7B在复发患者中的表达量较缓解患者上调,保护基因TBX1的表达量则下调。结论:本研究构建的AML患者风险评分模型可作为一种新的预后评估手段,具有较好的预测价值。

关键词：急性髓细胞白血病 NK细胞相关基因风险评估模型肿瘤免疫微环境

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核纤层蛋白B2在胃癌中高表达并调节胃癌的免疫微环境

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温州医科大学学报 2024年第7期54卷 539-546,553页

作者：曾雯林中楠郭朋坤林黎知林刻智陈孝东薛向阳温州医科大学微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所浙江温州325035 温州医科大学附属第二医院育英儿童医院运动医学科浙江温州325027 温州医科大学附属第二医院育英儿童医院胃肠外科浙江温州325027 温州医科大学附属第一医院胃肠外科浙江温州325015

目的:研究核纤层蛋白B2(LMNB2)在胃癌患者中的表达特征及其与临床预后、临床病理特征相关性,并探讨LMNB2表达对胃癌免疫微环境的影响。方法:下载UCSC数据库中经统一标准化的泛癌数据集,对其中19131例癌旁正常组织及60499例肿瘤组织中LM... 详细信息

目的:研究核纤层蛋白B2(LMNB2)在胃癌患者中的表达特征及其与临床预后、临床病理特征相关性,并探讨LMNB2表达对胃癌免疫微环境的影响。方法:下载UCSC数据库中经统一标准化的泛癌数据集,对其中19131例癌旁正常组织及60499例肿瘤组织中LMNB2的表达情况进行分析。收集自2014年至2016年间在温州医科大学附属第一医院行胃癌根治性切除术的142例胃癌组织及28例配对癌旁正常组织,免疫组化技术检测127例胃癌组织及28对配对癌旁组织中LMNB2的差异表达情况,并结合临床信息,对LMNB2表达情况与患者预后、临床病理特征之间的关系进行分析。采用ESTIMATE等算法分析LMNB2表达水平对胃癌组织中的基质、免疫细胞浸润等的影响;分析胃癌组织中不同免疫细胞的浸润情况及肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、细胞程序性死亡-配体1(PD-L1)与LMNB2表达水平之间的相关性,并通过基于免疫组化技术进行的评分,对临床组织样本进一步验证分析。结果:LMNB2在胃癌组织中表达上调,与患者的不良预后、更差的TNM分期等临床病理特征相关性。ESTIMATE分析显示,LMNB2的表达与免疫评分(r=-0.202,P<0.001)、基质评分(r=-0.272,P<0.001)、ESTIMATE评分(r=-0.251,P<0.001)呈负相关。免疫细胞的浸润情况分析发现,LMNB2表达与M1型巨噬细胞(r=0.322,P<0.001)、NK细胞(r=0.423,P<0.001)、中性粒细胞(r=0.307,P<0.001)浸润呈正相关。免疫组化对组织芯片进一步分析显示LMNB2高表达组拥有更高的CD4、CD56评分(均P<0.05),而其CD8、CD163评分则更低(均P<0.05)。LMNB2的表达水平与胃癌中TMB评分(r=0.343,P<0.001)及MSI评分(r=0.221,P<0.001)呈正相关,且LMNB2高表达组的PD-L1表达水平上调(P<0.05)。结论:LMNB2在胃癌中的表达上调,调节胃癌中的免疫微环境,可能是潜在的胃癌诊断标志物及评价胃癌病人免疫检查点抑制剂疗效的指标。

关键词：核纤层蛋白B2 胃肿瘤预后肿瘤免疫肿瘤微环境

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HPV16型E6重组蛋白的表达及其兔多克隆抗体的制备

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细胞与分子免疫学杂志 2020年第3期36卷 264-270页

作者：张庆媛朱进顺王路得汪琪朱珊丽陈韶张丽芳蒋朋飞温州医科大学分子病毒与免疫研究所微生物学与免疫学教研室浙江温州325000

目的制备人乳头瘤病毒(HPV)16型E6原核表达蛋白及其多克隆抗体。方法通过PCR法从Siha细胞株中获取HPV16 E6基因后克隆至pET21a(+)载体,构建pET21a(+)/HPV16 E6重组质粒,并经测序鉴定;将重组质粒pET21a(+)/HPV16 E6转化至*** BL21(DE3)中... 详细信息

目的制备人乳头瘤病毒(HPV)16型E6原核表达蛋白及其多克隆抗体。方法通过PCR法从Siha细胞株中获取HPV16 E6基因后克隆至pET21a(+)载体,构建pET21a(+)/HPV16 E6重组质粒,并经测序鉴定;将重组质粒pET21a(+)/HPV16 E6转化至*** BL21(DE3)中,通过异丙基硫代-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)诱导表达HPV16 E6-His标签融合蛋白,经镍柱亲和层析纯化,然后通过Western blot法鉴定;将纯化的HPV16型E6重组蛋白免疫日本大耳白兔制备多克隆抗体,ELISA检测免疫后血清多克隆抗体效价,并用Western blot法和免疫荧光技术分析HPV16 E6兔多克隆抗体的特异性。结果成功构建pET21a(+)/HPV16 E6重组质粒,并经测序鉴定;在重组质粒pET21a(+)/HPV16 E6转化至大肠杆菌BL21(DE3)后,经亲和层析法获得纯化的HPV16型E6重组蛋白,用于免疫日本大耳白兔获得多克隆抗体,抗体效价为1∶40000,并用Western blot法和免疫荧光技术确认了多克隆抗体的特异性。结论HPV16 E6原核表达成功并制备了HPV16 E6兔多克隆抗体。

关键词：人乳头瘤病毒(HPV) E6蛋白原核表达多克隆抗体

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基于生物信息学方法的沙眼衣原体主要外膜蛋白免疫优势表位预测及分析

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山东医药 2022年第20期62卷 24-29页

作者：李明洋徐远久鲁小龙张雷苏惠婷朱珊丽张友秀四川大学华西广安医院检验科四川广安638000 温州医科大学分子病毒与免疫研究所微生物学与免疫学教研室四川大学华西广安医院外围手术室

目的预测和分析沙眼衣原体主要外膜蛋白(MOMP)的免疫优势表位。方法以UniProt蛋白质数据库中检索CtMOMP的氨基酸序列为基础,针对MOMP的理化性质、二级结构、亲水性参数、表面可及性参数、极性参数、抗原性和柔韧性参数,预测其B细胞表位;... 详细信息

目的预测和分析沙眼衣原体主要外膜蛋白(MOMP)的免疫优势表位。方法以UniProt蛋白质数据库中检索CtMOMP的氨基酸序列为基础,针对MOMP的理化性质、二级结构、亲水性参数、表面可及性参数、极性参数、抗原性和柔韧性参数,预测其B细胞表位;用SYFPEITHI、IEDB及NetCTI 1.2 server预测MOMP的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位;用RANKPEP及SYFPEITHI预测MOMP的辅助T细胞(Th)表位,筛选分值共同较高的多肽片段作为候选表位。应用GalaxyWEB对MOMP进行三维结构建模分析。结果MOMP由393个氨基酸残基组成,以无规则卷曲及α螺旋为主;推测MOMP的B细胞表位位于N端42~52 aa、161~179 aa、259~265 aa和349~358 aa区段;其CTL表位主要集中于近C端,且以HLA-A*02:01、HLA-A*03限制性表位为主;Th表位各表型候选表位肽数目均较多。结论沙眼衣原体MOMP含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,其免疫优势表位主要位于N端42~65 aa、155~185 aa区段和C端342~359 aa区段。

关键词：沙眼衣原体主要外膜蛋白抗原表位生物信息学

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E型沙眼衣原体主要外膜蛋白多克隆抗体的制备及鉴定

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中国生物制品学杂志 2020年第9期33卷 1014-1018,1022页

作者：李明洋魏荷婷陈天枫胡瑜沈玉婷董海艳朱珊丽张丽芳温州医科大学分子病毒与免疫研究所微生物学与免疫学教研室浙江温州325035 温州医科大学精神医学学院浙江温州325035 温州医科大学仁济学院浙江温州325035

目的制备E型沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis,Ct)主要外膜蛋白(major outer membrane protein,MOMP)多克隆抗体,并在体外检测其生物学特性。方法通过分子克隆方法构建重组表达质粒pET21a(+)/MOMP,转化*** BL21(DE3),IPTG诱导表达重组MOMP蛋白,经镍螯合亲和层析胶纯化后,经皮下多点注射免疫日本大耳白兔,制备兔多克隆抗体,分别采用ELISA和Western blot法检测抗体的效价和特异性。在HeLa细胞中培养E血清型Ct,通过卢戈和吉姆萨染色法观察细胞中Ct包涵体的形成情况,间接免疫荧光法检测制备的MOMP多克隆抗体对Ct天然MOMP的结合特异性。结果Ct MOMP可在原核表达系统中高效表达;制备的兔抗MOMP多克隆抗体ELISA效价可达1∶256000,可特异性结合、识别融合及天然的Ct MOMP。结论制备的兔抗Ct MOMP多克隆抗体效价高、特异性强,为后续进一步研究Ct的致病机制及开发新的免疫诊断制剂奠定了基础。

关键词：沙眼衣原体主要外膜蛋白多克隆抗体

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新型冠状病毒S蛋白B细胞表位的预测与分析

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温州医科大学学报 2020年第3期50卷 173-176页

作者：朱珊丽丁宁项丹董海艳薛向阳张丽芳温州医科大学微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所浙江温州325035

目的:分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S刺突蛋白的二级结构并预测其可能的B细胞表位。方法:基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列,分别采用SOPMA、GOR方法预测S蛋白的二级结构,并结合其跨膜区、亲水性、表面可及性和抗原性参数等综合分析,预测S... 详细信息

目的:分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S刺突蛋白的二级结构并预测其可能的B细胞表位。方法:基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列,分别采用SOPMA、GOR方法预测S蛋白的二级结构,并结合其跨膜区、亲水性、表面可及性和抗原性参数等综合分析,预测SARS-CoV-2 S蛋白可能的B细胞表位。结果:对SARS-CoV-2 S蛋白二级结构的预测表明,其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主,少见转角。多种参数综合分析推测,其可能的优势B细胞表位位于354~360、437~445、454~471、527~537、567~582、678~685、772~779和806~818位氨基酸。结论:采用多参数预测SARS-CoV-2 S蛋白的B细胞表位,为深入研究S蛋白的功能奠定基础。

关键词：新型冠状病毒 S蛋白 B细胞表位预测

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