检索结果-内蒙古大学图书馆

草业科学 2023年第6期40卷 1568-1581页

作者：孙源长王天友罗琳蔡杨星林辉林冬梅张积森林占熺福建农林大学国家菌草工程技术研究中心福建福州350002 福建农林大学学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建福州350002

目前芦竹属(Arundo)菌草形态学的鉴定方法已经建立,但是在分子水平上的研究较少。对芦竹属菌草进行分子鉴定与选择压力分析可为菌草的杂交育种奠定基础。本研究通过PCR扩增得到芦竹属菌草的ITS2基因序列,并对它们的叶片进行转录组测序,... 详细信息

目前芦竹属(Arundo)菌草形态学的鉴定方法已经建立,但是在分子水平上的研究较少。对芦竹属菌草进行分子鉴定与选择压力分析可为菌草的杂交育种奠定基础。本研究通过PCR扩增得到芦竹属菌草的ITS2基因序列,并对它们的叶片进行转录组测序,通过生物信息学方法对其进行分子鉴定与选择压力分析。结果表明:在6.21百万年-9.75百万年前,以及5.14百万年-8.07百万年前分别进行了两次大规模的分化,将它们分为3大类(‘绿洲3号’‘绿洲5号’‘绿洲6号’‘绿洲8号’、‘绿洲2号’‘绿洲4号’‘绿洲7号’‘绿洲12号’和其他菌草)。选择压力分析筛选出‘绿洲1号’和‘绿洲3号’的正选择基因,它们大部分与转录调控、抗逆与发育相关。研究结果揭示了芦竹属菌草品种之间的关系和受到正向选择的基因与位点,为芦竹属菌草的适应性进化提供见解,也为今后的遗传改良提供靶点。

关键词：芦竹 ITS2序列系统发育转录组分歧时间选择压力

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染色体构象及其研究方法—3C技术

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分子植物育种 2016年第12期14卷 3501-3510页

作者：韩金磊吴为人王凯福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福州350002 福建农林大学作物科学学院福州350002 福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心福州350002

作为遗传物质载体的染色体在细胞中并非随机分布,而是占据一定的核空间,即染色体领域(chromosome territory,CT)。染色体领域所表现出的拓扑结构及动力学特征与基因的表达,DNA的复制,DNA的损伤修复以及基因组的稳定性密切相关。传统的... 详细信息

作为遗传物质载体的染色体在细胞中并非随机分布,而是占据一定的核空间,即染色体领域(chromosome territory,CT)。染色体领域所表现出的拓扑结构及动力学特征与基因的表达,DNA的复制,DNA的损伤修复以及基因组的稳定性密切相关。传统的细胞学方法,例如荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术,以及近些年发展起来的染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术及其衍生技术是开展基因组构象研究的有效手段。本综述介绍了染色体空间结构的特点、不同分布模式以及3C技术的原理及其应用,希望藉此加深人们对这一领域的理解,并为植物功能基因组的研究提供借鉴。

关键词：染色体领域构象高通量测序荧光原位杂交 3C技术及其衍生技术

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植物bHLH基因家族研究进展及在药用植物中的应用前景

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生物技术通报 2023年第10期39卷 1-16页

作者：安昌陆琳沈梦千陈盛圳叶康卓秦源郑平福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福州350002 广西大学农学院南宁530004 福建农林大学生命科学学院福州350002

碱性/螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子是植物中第二大转录因子家族,该家族广泛存在于各种植物的基因组中,并在植物生长发育、次生代谢、非生物逆境胁迫响应等方面发挥着重要的调控作用。本文全面综述了植物bHLH基因家族成员的结构特征、分... 详细信息

碱性/螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子是植物中第二大转录因子家族,该家族广泛存在于各种植物的基因组中,并在植物生长发育、次生代谢、非生物逆境胁迫响应等方面发挥着重要的调控作用。本文全面综述了植物bHLH基因家族成员的结构特征、分类规则及其生物学功能的研究进展,重点梳理总结了bHLH在植物生长发育和非生物胁迫(干旱、低温、盐、重金属)中的应答和调控,以及在次生代谢产物生物合成及动态积累过程中的重要作用,可为深入研究bHLH在生长发育、植物抗逆及品质形成等方面的分子调控机制及种质资源的开发提供指导。同时,因bHLH广泛参与调控植物次生代谢产物的合成和积累,已成为分子生药学和中药生态农业研究的热点。为此,本文进一步总结了近年来研究较为透彻的两种药用植物(丹参Salvia miltiorrhiza、黄花蒿Artemisia annua)中bHLH基因家族及其成员的研究进展,以期为药用植物bHLH基因家族的深入研究提供参考,并为药用植物的分子育种、拟境栽培等工作的开展以及中药生态农业的发展提供新思路。

关键词：药用植物 bHLH 生长发育非生物胁迫次生代谢产物

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基于开放染色质的全基因组水平转录调控元件的研究方法与进展

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福建农林大学学报（自然科学版） 2017年第1期46卷 1-8页

作者：韩金磊李占杰王凯福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建福州350002 福建农林大学作物科学学院福建福州350002 福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心福建福州350002

真核生物转录调控过程是大量的顺式调控元件与反式作用因子相互作用的结果.研究发现,这一调控过程与染色质核小体的动态定位相关,调控因子的结合需要裸露的无核小体的DNA区域,即开放的染色质位点.因此,高效精确地定位基因组上的开放染... 详细信息

真核生物转录调控过程是大量的顺式调控元件与反式作用因子相互作用的结果.研究发现,这一调控过程与染色质核小体的动态定位相关,调控因子的结合需要裸露的无核小体的DNA区域,即开放的染色质位点.因此,高效精确地定位基因组上的开放染色质位点为成功地发掘基因组调控元件,乃至揭示基因表达调控机制提供了重要线索和有效手段.本文对开放染色质位点的定义、主要研究方法以及功能注释进行概述,希望对在基因组水平上调控元件的发掘,尤其是在植物中的应用提供借鉴.

关键词：开放染色质位点 DNase I超敏感位点测序调控因子印记表观遗传修饰

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基于流式细胞术和基因组Survey测定牛膝基因组大小

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分子植物育种 2022年

作者：刘亚洲贾海凤刘叶曾春丽吴林坤方长旬林文雄福建农林大学生命科学学院福建省农业生态过程与安全监控重点实验室福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建农林大学农学院

牛膝(Achyranthes bidentata Blume)是中国传统的中药材，主要用于强筋骨补肝肾等。牛膝主产区是河南焦作，具有较高的药用价值和经济价值。牛膝还具有耐连作特性，推测与基因组中的基因簇合成特有的代谢分泌物有关；分析牛膝的基因组... 详细信息

牛膝(Achyranthes bidentata Blume)是中国传统的中药材，主要用于强筋骨补肝肾等。牛膝主产区是河南焦作，具有较高的药用价值和经济价值。牛膝还具有耐连作特性，推测与基因组中的基因簇合成特有的代谢分泌物有关；分析牛膝的基因组大小和特征等信息，可为牛膝全基因组测序与基因簇解析提供参考依据。该研究采用流式细胞技术和二代高通量技术进行全基因组Survey分析。流式细胞术估算牛膝基因组大小约为1.23 Gb。根据高通量测序，获得了76.26 Gb的基因组数据，总测序深度约为59.46×。K-mer分析结果估算牛膝的基因组大小约为1.22 Gb，重复序列比例为54.70%，杂合度为0.12%，GC含量为35%。通过MaSuRCA进行基因组初步组装，得到基因组大小为964.81 Mb。获得牛膝基因组大小等信息，研究结果为后续牛膝全基因组精细图谱的绘制、开发鉴定牛膝种质和性状定位的SSR分子标记提供一定的理论基础。

关键词：牛膝流式细胞术全基因组Survey分析基因组大小

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主要麻类作物的ITS序列分析与系统进化

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作物学报 2017年第6期43卷 862-874页

作者：张力岚王俊万雪贝徐益张列梅方平平祁建民张立武福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

比较主要麻类作物和测序植物间的ITS序列,可明确它们间系统位置和进化关系。本研究采用PCR扩增和搜索Gen Bank数据库,获得32份麻类作物和11份测序作物的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)序列,利用MEGE软件分析ITS... 详细信息

比较主要麻类作物和测序植物间的ITS序列,可明确它们间系统位置和进化关系。本研究采用PCR扩增和搜索Gen Bank数据库,获得32份麻类作物和11份测序作物的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)序列,利用MEGE软件分析ITS长度、G+C含量与同源性百分比差异。结果表明,黄麻属、红麻属、苎麻属和亚麻属的ITS基本序列全长分别为963、939、658和686 bp;G+C含量分别为57.87%、58.03%、59.05%和53.75%。黄麻属变异区域集中在220~386 bp间,红麻属变异区域集中在2个区段(206~347 bp,599~713 bp),苎麻属ITS变异区域分布在4个区段(158~163 bp、193~199 bp、288~333 bp和681~688 bp),亚麻属ITS变异区域分布在5个区段(219~229bp、235~240 bp、427~432 bp、468~484 bp和588~594 bp)。系统位置分析表明,红麻属与棉花亲缘关系最近,黄麻与棉花亲缘关系较近;亚麻与苎麻各为一小支。系统位置分析与传统的植物分类结果较一致。研究主要麻类作物比较基因组学时,红麻、黄麻可参考棉花,苎麻可参考杨树或蓖麻。推测红麻属的进化时间约为33.7百万年前(million years ago,MYA),黄麻属约为65.3MYA,苎麻属约为67.5MYA,亚麻属约为90.5MYA。主要麻类作物进化时间越久,同属不同种之间ITS变异区段越多。

关键词：麻类作物 ITS 系统位置进化关系

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红麻EST-SSR标记的开发及其多态性评价

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作物学报 2017年第8期43卷 1170-1180页

作者：万雪贝李东旭徐益徐建堂张力岚张列梅林荔辉祁建民张立武福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

红麻是最重要的自然纤维作物之一,然而SSR标记的匮乏限制了其遗传改良。本研究从红麻90 175个EST序列中挑出含有转录因子的EST,开发了94对SSR引物。以24份不同红麻种质资源的DNA为模板,利用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果... 详细信息

红麻是最重要的自然纤维作物之一,然而SSR标记的匮乏限制了其遗传改良。本研究从红麻90 175个EST序列中挑出含有转录因子的EST,开发了94对SSR引物。以24份不同红麻种质资源的DNA为模板,利用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果表明,85对引物(占90.4%)至少在2个材料之间存在多态性,表明开发的EST-SSR具有很好的多态性。其中,三核苷酸重复所占比例最多,重复基元AAT和ATG的多态性较高。聚类分析表明,24份红麻种质资源的遗传相似系数变化在0.62~0.92之间,表现出丰富的遗传基础。这些结果不仅丰富了红麻的分子标记数量,而且为红麻的遗传分析提供资源。

关键词：红麻 SSR 遗传多样性标记开发

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利用流式细胞技术测定和评估金线莲基因组大小

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福建农林大学学报（自然科学版） 2020年第6期49卷 766-771页

作者：林瀚王晶晶黄华星何碧珠兰思仁马晓开福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建农林大学兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室福建农林大学园林学院福建农林大学园艺学院福建福州350002

利用流式细胞技术对金线莲基因组大小进行测定,选取金线莲新鲜嫩叶为待测材料,选用3种不同的缓冲液进行解离,制备细胞核悬浮液.以鸡红细胞核为内标,使用碘化丙啶(PI)染色,通过流式细胞仪对其荧光强度进行测定;通过比较换算,建立了以流... 详细信息

利用流式细胞技术对金线莲基因组大小进行测定,选取金线莲新鲜嫩叶为待测材料,选用3种不同的缓冲液进行解离,制备细胞核悬浮液.以鸡红细胞核为内标,使用碘化丙啶(PI)染色,通过流式细胞仪对其荧光强度进行测定;通过比较换算,建立了以流式细胞技术测定金线莲基因组大小的参考方法.研究发现使用Galbraith′s解离液对金线莲样品的解离效果较好,测得金线莲基因组DNA的2C含量为6.83±0.067 pg.结果表明,基于流式细胞技术,优化解离和测定方法可准确测定金线莲的基因组大小.

关键词：金线莲流式细胞技术基因组大小

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黄麻全基因组SSR鉴定与特征分析

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作物学报 2019年第1期45卷 10-17页

作者：姚嘉瑜张立武赵捷徐益祁建民张列梅福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室/作物科学学院福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

黄麻是世界上重要的天然韧皮部纤维作物之一。然而, SSR标记的缺乏限制了黄麻的遗传改良。本研究从圆果种黄麻测序品种CVL-1的基因组、基因、CDS和cDNA中挖掘SSR信息,利用SSR Primer软件查找SSR位点,并分析其分布特征。结果表明,基于基... 详细信息

黄麻是世界上重要的天然韧皮部纤维作物之一。然而, SSR标记的缺乏限制了黄麻的遗传改良。本研究从圆果种黄麻测序品种CVL-1的基因组、基因、CDS和cDNA中挖掘SSR信息,利用SSR Primer软件查找SSR位点,并分析其分布特征。结果表明,基于基因组序列共开发了153,242个基因组SSR,平均密度为467.20个SSRMb^(–1);基于cDNA序列开发了10,747个SSR,平均密度为260.85 SSR Mb^(–1)。大部分重复基元为二至四核苷酸,占76.91%,其中cDNA序列SSR中三核苷酸重复基元数量较多而基因组SSR中二核苷酸重复基元数量较多。对于不同类型的SSR重复基元,随着重复单元数量的增加,其基因组和cDNA的SSR分布频率呈现逐步降低特征。黄麻全基因组SSR标记鉴定,不仅可以丰富黄麻分子标记的数量,而且为剖析黄麻重要农艺性状的遗传机制奠定基础。

关键词：黄麻基因组 cDNA SSR

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黄麻纤维产量与主要农艺性状的相关分析

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作物学报 2018年第6期44卷 859-866页

作者：徐益张列梅祁建民苏梅方书生张力岚方平平张立武福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室/作物科学学院福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

研究黄麻纤维产量与主要农艺性状的相关性,可为高产育种与生产利用提供科学依据。本文159份不同来源黄麻种质资源的12个农艺性状对纤维产量即单株干皮重的影响表明,各性状的变异系数变化在11.89%至38.50%之间,表现出丰富的遗传变异。黄... 详细信息

研究黄麻纤维产量与主要农艺性状的相关性,可为高产育种与生产利用提供科学依据。本文159份不同来源黄麻种质资源的12个农艺性状对纤维产量即单株干皮重的影响表明,各性状的变异系数变化在11.89%至38.50%之间,表现出丰富的遗传变异。黄麻纤维产量与各性状均呈极显著正相关,其中,与单株鲜皮重、株高、始花期的相关系数较大,分别为0.814、0.760和0.648。黄麻纤维产量和单株鲜皮重、株高、出麻率、鲜皮厚的回归方程达显著水平,其标准回归系数依次为0.443、0.437、0.291和0.113。通径分析显示,单株鲜皮重、株高在决定黄麻纤维产量时起主要作用。出麻率的相关系数(0.253)与直接通径系数(0.291)表现基本一致,说明出麻率直接对黄麻纤维产量起作用,具极显著正相关。因此,在黄麻高产育种中,应该以始花期、单株鲜皮重、株高、出麻率与鲜皮厚为主要筛选对象,兼顾综合性状的改良。

关键词：黄麻农艺性状纤维产量相关分析通径分析

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