检索结果-内蒙古大学图书馆

中国农学通报 2009年第21期25卷 64-68页

作者：林生潘大仁周以飞陈观水张绪璋福建省作物分子与细胞生物学重点实验室福建农林大学福州350002 作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建农林大学福州350002

根据其它作物已克隆的RAR1基因的两个氨基酸保守位点设计简并引物,用果蔗cDNA进行PCR扩增,得到果蔗Rar1基因片段序列,推测出的氨基酸序列与其他作物推测出的氨基酸序列的CCCH结构域和一个锌结合域CHORD-Ⅱ具有很高的相似性,初步证明了... 详细信息

根据其它作物已克隆的RAR1基因的两个氨基酸保守位点设计简并引物,用果蔗cDNA进行PCR扩增,得到果蔗Rar1基因片段序列,推测出的氨基酸序列与其他作物推测出的氨基酸序列的CCCH结构域和一个锌结合域CHORD-Ⅱ具有很高的相似性,初步证明了所克隆的果蔗Rar1基因片段具有正确的序列信息。并构建了果蔗Rar1反义植物表达载体pCAM-RAR1,转化农杆菌后侵染果蔗的愈伤组织并得到初步验证,为转基因植物的获得以及果蔗Rar1基因功能鉴定奠定了基础。

关键词：果蔗 Rar1基因载体构建遗传转化

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基于转录组及WGCNA的甘蔗干旱响应调控网络分析

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作物学报 2022年第7期48卷 1583-1600页

作者：李佩婷赵振丽黄潮华黄国强徐良年邓祖湖张玉赵新旺福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心福建福州350002 福建农林大学生命科学学院/福建省植物功能生物学与绿色农业重点实验室福建福州350002 广西大学广西甘蔗生物学重点实验室广西南宁530004 福建农林大学/农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室福建福州350002

干旱是制约甘蔗产业发展的重要因素之一。前人研究表明,斑茅具有良好的抗性基因,可以通过远缘杂交遗传给后代。本研究以斑茅与甘蔗杂交F1代无性系YCE96-40为材料,对苗期干旱处理0 h和24 h后的叶和根进行转录组测序分析,比较了根和叶在... 详细信息

干旱是制约甘蔗产业发展的重要因素之一。前人研究表明,斑茅具有良好的抗性基因,可以通过远缘杂交遗传给后代。本研究以斑茅与甘蔗杂交F1代无性系YCE96-40为材料,对苗期干旱处理0 h和24 h后的叶和根进行转录组测序分析,比较了根和叶在转录水平上响应干旱的差异,鉴定出21,885个(DR vs CR:10176,DL vs CL:7907)差异表达基因(DEGs),根中差异表达基因多于叶中,说明根对干旱胁迫响应更为剧烈。GO功能富集分析发现,根和叶中DEGs均富集到与脱水反应相关及激素信号转导过程相关的条目,比如“对渗透胁迫生物过程的响应”和“对缺水生物过程的反应”等。与叶不同的是,根中大量DEGs显著富集到与细胞膜相关的条目。在根中鉴定出多个木质素相关DEGs,表明木质素参与了根的干旱响应。通过对所有DEGs进行WGCNA分析,共鉴定出11个基因共表达模块,其中与干旱处理后的根显著相关有5个模块,与干旱处理后的叶显著相关的有2个模块。进一步筛选出了26个转录因子为甘蔗干旱响应的候选转录因子,构建了调控网络。研究结果为进一步理解甘蔗抗旱性的分子机制及甘蔗抗旱性育种提供了理论指导。

关键词：甘蔗抗旱性转录组加权基因共表达网络转录因子

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甘薯基因组TCP转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

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植物科学学报 2021年第2期39卷 163-171页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福州350003 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的... 详细信息

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异。结果显示,甘薯基因组中共有27个TCP转录因子,其中ClassⅠ13个、ClassⅡ(CIN)8个、ClassⅡ(CYC/TB1)6个。甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上,其中6对基因存在潜在复制关系。甘薯ClassⅡ(CYC/TB1)转录因子含有R结构域,其氨基酸序列较为保守。在TCP家族中共发现10个保守基序(motif),基序的氨基酸序列长度为15~60个,其中motif 1含有TCP结构域,motif 3含有R结构域,TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异。逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明,TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因。

关键词：甘薯 TCP 转录因子生物信息学

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果蔗Hsp90基因的电子克隆及序列分析

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热带作物学报 2009年第12期30卷 1824-1830页

作者：林生潘大仁周以飞陈观水张绪璋张燕云福建农林大学作物学院福建省作物分子与细胞生物学重点实验室福州350002 福建农林大学作物学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002

以克隆到的果蔗HSP90基因片段作为探针,利用电子克隆和序列拼接方法获得一个全长为2097bp的cDNA序列。通过ORF软件分析,预测得到的蛋白质具有698个氨基酸。应用生物信息学对果蔗HSP90蛋白的理化性质、二级结构、疏水性/亲水性、信号肽... 详细信息

以克隆到的果蔗HSP90基因片段作为探针,利用电子克隆和序列拼接方法获得一个全长为2097bp的cDNA序列。通过ORF软件分析,预测得到的蛋白质具有698个氨基酸。应用生物信息学对果蔗HSP90蛋白的理化性质、二级结构、疏水性/亲水性、信号肽、功能结构域分析及其蛋白功能、高级结构和同源性进行了预测分析。结果表明,该蛋白的相对分子量为80.2ku,在N端有一个ATP结合位点,具有内源ATPase活性。序列分析表明,该蛋白可能具有信号转导、转录调控、胁迫应答、生长因子等功能。利用梢腐病病原Gibberella fujikuroi接种果蔗福安叶片,检测到HSP90基因的转录水平逐渐提高。

关键词：果蔗 HSP90基因电子克隆生物信息学

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水稻包穗突变体esp2的遗传分析与基因精细定位

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科学通报 2011年第10期56卷 741-745页

作者：官华忠段远霖刘华清陈志伟卓敏庄丽君亓文明潘润森毛大梅周元昌王锋吴为人福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002 福建农林大学福建省水稻分子标记辅助育种重点实验室福州350002 福建省农业科学研究院福州350002

水稻的包穗现象主要是由倒一节间缩短造成的.阐明包穗形成的分子机制,对解决水稻不育系的包穗问题,创造水稻新种质具有重要意义.我们在籼稻品种明恢86的组织培养后代中获得了1个包穗突变体,命名为esp2(enclosed shorter panicle2),其穗... 详细信息

水稻的包穗现象主要是由倒一节间缩短造成的.阐明包穗形成的分子机制,对解决水稻不育系的包穗问题,创造水稻新种质具有重要意义.我们在籼稻品种明恢86的组织培养后代中获得了1个包穗突变体,命名为esp2(enclosed shorter panicle2),其穗部被剑叶叶鞘完全包裹,倒一节间几乎完全退化,而其余各节间长度则没有明显改变.遗传分析表明,esp2受一对隐性基因控制,能稳定遗传且不受遗传背景的影响.显然,ESP2是控制水稻倒一节间发育的一个关键基因.利用esp2与粳稻品种秀水13杂交的F2群体以及SSR和InDel标记,将ESP2精细定位在1号染色体短臂末端一个14kb的区域内.根据水稻基因组序列的注释,该区域内只存在1个完整的基因,亦即一个假定的磷脂酰丝氨酸合成酶(putative phosphatidylserine synthase)基因.对野生型和突变体的测序分析结果表明,该基因内部插入了一个5287bp的反转座子序列.因此,我们将该基因作为ESP2的候选基因.本研究结果为ESP2基因的克隆和功能分析奠定了基础.

关键词：水稻包穗突变体 ESP2基因精细定位

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甘薯基因组JAZ基因家族的鉴定与分析

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基因组学与应用生物学 2021年第11期40卷 3685-3693页

作者：黄小芳毕楚韵陈其俊刘江洪胡韵卓黄碧芳许明陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002

JAZ(jasmonate ZIM-domain,JAZ)蛋白作为茉莉酸途径的抑制因子,可通过与其他信号通路的调控因子互作来调节植物生长发育过程。为了探究甘薯[Ipomoea batatas(L.)LAM]JAZ家族基因的特征和潜在功能,本研究利用生物信息学的分析方法从甘薯... 详细信息

JAZ(jasmonate ZIM-domain,JAZ)蛋白作为茉莉酸途径的抑制因子,可通过与其他信号通路的调控因子互作来调节植物生长发育过程。为了探究甘薯[Ipomoea batatas(L.)LAM]JAZ家族基因的特征和潜在功能,本研究利用生物信息学的分析方法从甘薯全基因序列中鉴定到11个JAZ基因序列,对其进行多重序列比对、染色体定位、保守基序、系统进化树以及逆境胁迫下基因表达量变化等多方面的研究。结果表明,11个甘薯JAZ基因分布在甘薯1号、3号、6号、7号和9号染色体上,其数目分别为2个、1个、2个、1个和5个;利用MEME检索工具从甘薯JAZ家族蛋白序列中检索得到9个保守基序(motif 1~motif 9),其中motif 1和motif 7氨基酸序列组成与多重比对结果中的TIFY结构域一致,motif 2序列特征与Jas结构域一致;甘薯、拟南芥和水稻的JAZ家族系统进化树可分为5个亚组(Group1~Group 5);转录组数据分析结果表明,甘薯JAZ基因家族中有2个成员在受到尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum ***)侵染时表达量上调;有5个成员在低温胁迫下差异表达,其中3个表达上调、2个表达下调。以上结果可为研究甘薯JAZ家族基因的结构和功能提供参考。

关键词：甘薯 JAZ 基因家族生物信息学

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水稻苗期耐盐突变体的遗传分析及基因定位

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遗传 2013年第9期35卷 1101-1105页

作者：汪斌刘婷婷张淑君兰涛官华忠周元昌吴为人福建农林大学作物遗传育种与综合利用省部共建教育部重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学作物科学学院福州350002

在籼稻品种R401辐射诱变的M2群体中筛选到一个苗期耐盐突变体,在150mmol/L的NaCl溶液处理下对照植株枯萎死亡,而突变体植株依然存活。以粳稻品种Nipponbare(不耐盐)和耐盐突变体作亲本,构建了一个F2群体,调查该群体在150mmol/L的NaCl溶... 详细信息

在籼稻品种R401辐射诱变的M2群体中筛选到一个苗期耐盐突变体,在150mmol/L的NaCl溶液处理下对照植株枯萎死亡,而突变体植株依然存活。以粳稻品种Nipponbare(不耐盐)和耐盐突变体作亲本,构建了一个F2群体,调查该群体在150mmol/L的NaCl溶液胁迫下的表现,发现Nipponbare和耐盐突变体苗期耐盐性的差异受单个主基因控制,耐盐为隐性,将该基因暂时命名为SST(t)。利用该F2群体,采用集团分离分析(Bulked segregant analysis,BSA)法将SST(t)定位在第6染色体上,进一步对F2群体中137个典型的耐盐单株的分子标记进行分析,将该基因定位在InDel标记ID26847和ID27253之间,约2.3cM(或406kb)的区间内,与两标记分别相距1.2cM和1.1cM。

关键词：水稻苗期耐盐性遗传基因定位

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硅对甘蔗黑穗病菌的体外抑菌效果研究

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热带作物学报 2021年第12期42卷 3588-3597页

作者：王文举孙婷婷岑光莉娄文月陈燕玲阙友雄尤垂淮苏亚春福建农林大学农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室福建福州350002 福建省病原真菌与真菌毒素重点实验室(福建农林大学) 福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002

由鞭黑粉菌(Sporisorium scitamineum)引起的黑穗病是甘蔗(Saccharum spp.)生产上最重要的真菌病害。硅是植物生长过程中的有益矿质元素,能够提高植物对生物和非生物胁迫的抗性。目前,关于外源硅对甘蔗黑穗病菌的体外抑菌作用尚未见报... 详细信息

由鞭黑粉菌(Sporisorium scitamineum)引起的黑穗病是甘蔗(Saccharum spp.)生产上最重要的真菌病害。硅是植物生长过程中的有益矿质元素,能够提高植物对生物和非生物胁迫的抗性。目前,关于外源硅对甘蔗黑穗病菌的体外抑菌作用尚未见报道。本研究以硅酸钠(sodium silicate,Na_(2)SiO_(3))和硅酸钾(potassium silicate,K_(2)SiO_(3))处理甘蔗黑穗病菌,观察黑穗病菌的孢子萌发、菌落直径和菌丝生长情况,评价不同硅剂和pH对甘蔗黑穗病菌的体外抑菌效果。结果显示,0.5~20.0 mmol/L Na_(2)SiO_(3)和K_(2)SiO_(3)均完全抑制甘蔗黑穗病菌的孢子萌发,但1.0 mmol/L Na_(2)SiO_(3)促进甘蔗黑穗病菌菌落和菌丝的生长,10.0、20.0 mmol/L Na_(2)SiO_(3)和K_(2)SiO_(3)则显著抑制菌落和菌丝的生长,表明Na_(2)SiO_(3)和K_(2)SiO_(3)均会影响甘蔗黑穗病菌的生长,高浓度Na_(2)SiO_(3)和K_(2)SiO_(3)的抑菌效果明显。在不同pH条件下,低pH(5.87~10.86)处理下的甘蔗黑穗病菌孢子有萌发,但其萌发率随着pH的增大逐渐降低,高pH(≥10.96)完全抑制孢子萌发,此外,pH为9.40和11.57对菌落直径的抑制效果明显。调整pH为6.0的低浓度Na_(2)SiO_(3)(0~5.0 mmol/L)和K_(2)SiO_(3)(0~3.5 mmol/L)对孢子萌发影响小,但pH为6.0的高浓度Na_(2)SiO_(3)(7.0~20.0 mmol/L)和K_(2)SiO_(3)(5.0~20.0 mmol/L)显著抑制孢子萌发,表明相同pH水平下的K_(2)SiO_(3)比Na_(2)SiO_(3)及其对应pH处理对甘蔗黑穗病菌孢子萌发的抑制作用更为明显。研究结果为外源硅在甘蔗抗黑穗病的药效试验和防治机理研究提供参考。

关键词：甘蔗黑穗病菌硅 pH 抑菌作用

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烟草bZIP基因家族的鉴定及其在不同成熟度烟叶中的表达分析

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中国烟草学报 2021年第2期27卷 53-64页

作者：杨佳翰张炳辉顾钢杨玄松秦明月谢小芳福建农林大学生命科学学院福州350002 福建省烟草专卖局烟草科学研究所福州350003 福建省作物设计育种重点实验室福州350003

通过生物信息学方法,从普通烟草中共鉴定了126个bZIP家族基因。基因结构分析表明:不同成员间外显子数目差异较大,最大达到13个,最少仅为1个。进化分析发现:126个NtbZIP基因被聚为11个亚族,同一亚族中的基因成员大多具有相似的外显子组成... 详细信息

通过生物信息学方法,从普通烟草中共鉴定了126个bZIP家族基因。基因结构分析表明:不同成员间外显子数目差异较大,最大达到13个,最少仅为1个。进化分析发现:126个NtbZIP基因被聚为11个亚族,同一亚族中的基因成员大多具有相似的外显子组成。bZIP 结构域分析表明:家族成员的核心结构域非常保守,各成员都具有碱性区和亮氨酸拉链区。烟草与拟南芥bZIP基因系统进化分析显示:11个亚族中均存在烟草和拟南芥的bZIP成员,其中S分支所含的家族成员最多,共有43个成员。NtbZIP基因表达分析发现:大部分NtbZIP基因在不同成熟度烟叶中都有表达,但是不同成员的表达模式存在差异,其中NtbZIP84,NtbZIP115,NtbZIP119和NtbZIP120等基因表达量随成熟度提高而逐渐降低。

关键词：烟草 bZIP转录因子进化分析基因表达成熟度

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黄麻内参基因筛选及次生细胞壁合成相关基因的表达分析

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作物学报 2022年第7期48卷 1614-1624页

作者：杨昕李玉刘传兵张力岚何青垚祁建民张立武福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 恩施土家族苗族自治州农业科学院湖北恩施445000

选择合适的内参基因进行校正和标准化,既能提高实时定量荧光PCR的准确性,也为分析黄麻次生细胞壁合成相关基因的表达模式奠定基础。本研究通过常用的内参基因,结合课题组已有的基因组数据和转录组数据,初步筛选出8个内参基因(CcTUBα、C... 详细信息

选择合适的内参基因进行校正和标准化,既能提高实时定量荧光PCR的准确性,也为分析黄麻次生细胞壁合成相关基因的表达模式奠定基础。本研究通过常用的内参基因,结合课题组已有的基因组数据和转录组数据,初步筛选出8个内参基因(CcTUBα、CcACT、CcDnaJ、CcTUBβ、CcUBQ、CcEF1α、CcUBC和CcUBI)。为验证这些候选内参基因的稳定性,以优良品种‘黄麻179’为材料,对种子萌发后14 d的根、茎、叶进行qRT-PCR分析。经Ct值的变异系数、软件geNorm和NormFinder的综合分析,确定表达最稳定内参基因为CcDnaJ,最佳内参基因组合方式为CcDnaJ+CcUBQ+CcUBI。通过种子萌发后10 d下胚轴、60 d和90 d茎皮的转录组数据分析次生细胞壁合成相关基因的表达模式,发现木质素合成基因Cc4CL1、CcCCoAOMT1的表达量在种子萌发后60 d茎皮最高,而种子萌发后90 d茎皮表现为下降;纤维素合成酶基因CcCesA4、CcCesA7、CcesA8和木聚糖合成基因CcIRX8、CcIRX9、CcFRA8的表达量在种子萌发后10 d下胚轴最高,而种子萌发后60 d、90 d茎皮的表达量均有下降,表明这些基因参与了黄麻纤维发育。以CcDnaJ+CcUBQ+CcUBI作为内参基因组合,qRT-PCR分析5个次生细胞壁合成相关基因,即Cc4CL1、CcCCoAOMT1、CcCesA4、CcCesA7、CcesA8,在种子萌发后7 d下胚轴和14 d茎的表达模式,发现这5个基因在种子萌发期后14 d茎的表达量均高于种子萌发期后7 d下胚轴,暗示着黄麻纤维的形成开始于7~14 d之间,同时表明CcDnaJ+CcUBQ+CcUBI的内参基因组合具有实用性。

关键词：黄麻 qRT-PCR 内参基因次生细胞壁纤维素木质素

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