检索结果-内蒙古大学图书馆

中国卫生统计 2021年第2期38卷 162-166页

作者：秦飞俞章盛上海交通大学生命科学技术学院生物信息与生物统计系 200240

目的建立更为一般化的面板计数数据模型,既包含具有时变效应的协变量又包含具有非参数效应的协变量。方法使用伪似然样条估计方法及全似然样条估计方法,并通过数值模拟定性和定量地比较这两种方法。结果两估计方法在样本量为200时都具... 详细信息

目的建立更为一般化的面板计数数据模型,既包含具有时变效应的协变量又包含具有非参数效应的协变量。方法使用伪似然样条估计方法及全似然样条估计方法,并通过数值模拟定性和定量地比较这两种方法。结果两估计方法在样本量为200时都具有很小的偏差和均方误差(MSE);全似然样条估计方法的偏差和MSE更小(比伪似然样条估计方法的MSE小约35%),但计算时间远远超过伪似然样条估计方法(约是其200倍);两种估计方法用于小儿哮喘数据后得到了相似的估计结果,揭示了白细胞介素IL-9的时变效应及白细胞介素IL-5的非参数效应。结论综合MSE及计算时间,在此模型下本研究更推荐使用伪似然样条估计方法。

关键词：伪似然全似然样条时变效应非参数效应

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探索部分测序的基因组对元基因组分类的影响

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基因组学与应用生物学 2015年第7期34卷 1457-1460页

作者：谢俊胡智强上海交通大学生命科学技术学院生物信息与生物统计实验室上海200240

很多分类软件在序列分类时,只能使用完全测序的微生物基因组序列作为参考库。然而,很多微生物没有完整的基因组数据,只有部分测序的数据。本研究旨在探究这些未完全测序的数据对微生物的分类有什么样的影响。本实验从NCBI上下载了细菌... 详细信息

很多分类软件在序列分类时,只能使用完全测序的微生物基因组序列作为参考库。然而,很多微生物没有完整的基因组数据,只有部分测序的数据。本研究旨在探究这些未完全测序的数据对微生物的分类有什么样的影响。本实验从NCBI上下载了细菌的完全测序的基因组数据和未完全测序的基因组数据。利用本实验室自行开发的序列模拟软件Ne SSM和短序列分类软件Meta Bin G,以hc、mc两个物种比例模拟出元基因组数据作为测试数据,以参考库CG(只含有完全测序的细菌基因组序列)和PCG(同时含有部分测序的细菌基因组序列和完全测序的细菌基因组序列)作为比对库,对测试序列进行分类,并按照门、纲、目、科、属、种的水平对分类结果的准确率和运行时间进行统计。结果显示不同分类水平下,参考库中添加入未完全测序的数据均能提高对微生物分类的准确性。

关键词：部分测序的基因组完全测序的基因组分类

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转座元件在不同人类基因组数据库中分布情况的研究

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基因组学与应用生物学 2015年第6期34卷 1144-1148页

作者：曹单锋胡智强上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系上海200240

在人类基因组中,大多数的基因都含有转座元件,但是转座元件在蛋白质编码区所占的比例大约只有1%。1%这个比例很可能是被低估的。我们系统分析了转座元件在不同的人类基因组注释数据库中的变化情况。在Ref Seq数据库中,0.43%的蛋白质编... 详细信息

在人类基因组中,大多数的基因都含有转座元件,但是转座元件在蛋白质编码区所占的比例大约只有1%。1%这个比例很可能是被低估的。我们系统分析了转座元件在不同的人类基因组注释数据库中的变化情况。在Ref Seq数据库中,0.43%的蛋白质编码序列被转座元件覆盖,但在Ensembl数据库中,这一比例达到了1.30%。对于Ensembl特有的蛋白质编码区,转座元件的覆盖率达到了15.3%,远远高于在Ref Seq中所对应的比例(0.43%)。这些结果表明,未被识别出的蛋白质编码序列比现有的蛋白质编码序列含有更多的转座元件,这也预示着这些蛋白质编码序列将会更加难以被识别出来。

关键词：转座元件 Ref Seq Ensembl

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多基因模型在肝细胞癌预后中的应用

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生物技术通报 2020年第5期36卷 183-192页

作者：魏之菡法博涛俞章盛上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系、上海交通大学-耶鲁大学联合生物统计与数据科学中心上海200240

利用较少分子信息预测肝细胞癌类型对患者的个性化治疗十分关键。探索已知的与肝细胞癌预后相关的信号通路,共发现41个关键基因。随后,运用机器学习的方法对其构建风险预测模型,并在4个肝细胞癌数据集上进行验证。结果显示,该模型能将... 详细信息

利用较少分子信息预测肝细胞癌类型对患者的个性化治疗十分关键。探索已知的与肝细胞癌预后相关的信号通路,共发现41个关键基因。随后,运用机器学习的方法对其构建风险预测模型,并在4个肝细胞癌数据集上进行验证。结果显示,该模型能将肝细胞癌患者分成两个预后差异显著的类型:癌症基因图谱(The cancer genome atlas,TCGA)数据集交叉验证的平均log rank P值为0.03;其他测试数据集的log rank P 值分别为0.000 38、0.002 1和0.01。生物信息学分析显示肝细胞癌的预后与细胞周期等信号通路显著相关,并筛选出12个潜在的肝细胞癌分子标志物。研究结果表明,基于41个基因构建的肝细胞癌预后模型具有较好的稳健性和准确的风险预测能力。

关键词：肝细胞癌预后生物标志物

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细胞色素酶2D6的分子对接以及分子动力学研究

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科学通报 2010年第1期55卷 40-44页

作者：王靖方张成城魏冬青中国科学院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室生物信息中心上海200031 上海交通大学生命科学与技术学院生物信息与生物统计系上海200240

细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模... 详细信息

细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模拟的方法,研究了细胞色素酶2D6的结构特征以及其与药物分子之间的相互作用.并且发现,细胞色素酶2D6活性位点中的Glu216,Asp301,Ser304和Ala305在其与药物分子的相互作用中有着重要的作用.它们可以形成一个或者多个氢键来固定药物分子.同时其活性位点中的Phe120可以通过形成一定的Π-Π相互作用来识别和固定药物分子.这些发现有助于进一步了解细胞色素酶2D6的结构特征,特别是其活性位点附近的结构特征,理解细胞色素酶2D6代谢药物的机理.同时,由于细胞色素酶2D6存在着单核苷酸多肽性,所得到的结果可以为个性化医疗提供一定的理论基础.

关键词：细胞色素酶分子对接分子动力学模拟药物代谢机理个性化医疗

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基于SAS的四参数回归计算法点估计

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药学服务与研究 2019年第6期19卷 401-404页

作者：黄卓邓罗佳张岳上海市食品药品检验所药理毒理室上海201203 上海交通大学生命科学技术学院生物信息与生物统计系上海200240

目的:在四参数回归计算法中建立计算自由模型和平行曲线模型(约束模型)各参数点估计值的SAS程序,并将其应用于药品、器械的审评审批。方法和结果:在给出四参数logistic模型中自由模型和约束模型的方程形式后,基于一次粒细胞集落刺激因... 详细信息

目的:在四参数回归计算法中建立计算自由模型和平行曲线模型(约束模型)各参数点估计值的SAS程序,并将其应用于药品、器械的审评审批。方法和结果:在给出四参数logistic模型中自由模型和约束模型的方程形式后,基于一次粒细胞集落刺激因子生物学活性测定的数据,使用SAS中PROC NLIN,针对标准品(S)和供试品(T)分别进行自由模型和约束模型拟合,得到各参数的点估计值。自由模型的结果:AS=0.3131,BS=1.8337,CS=25.6610,DS=1.4395,AT=0.3188,BT=1.8340,CT=25.5082,DT=1.4560;约束模型的结果:A=0.3159,B=1.8333,CS=26.0753,CT=25.1141,D=1.4479。SAS计算出的点估计值和Softmax软件的结果几乎一致,甚至更为精确,由此证明本课题组编写的SAS程序的可行性和适用性。结论:本研究建立的方法可以很好地利用SAS精确计算四参数logistic模型的点估计值。

关键词： SAS软件四参数logistic模型点估计

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化学基元组学与药物创新

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中国科学：化学 2013年第1期43卷 18-34页

作者：徐峻顾琼刘海波周家驹卜宪章黄志纾鲁桂李丁魏冬青王领古练权中山大学药学院药物分子设计研究中心中山大学人类病毒学研究所广州510006 中国医学科学院药用植物研究所北京100194 上海交通大学药学生命科学技术学院生物信息生物统计系上海200240

化学基元组学(chemomics)是与化学信息学、生物信息学、合成化学等学科相关的交叉学科.生物系统从内源性小分子(天然砌块)出发,通过酶催化的化学反应序列制造天然产物.生物系统通过化学反应和天然砌块向目标天然产物"砌入"一... 详细信息

化学基元组学(chemomics)是与化学信息学、生物信息学、合成化学等学科相关的交叉学科.生物系统从内源性小分子(天然砌块)出发,通过酶催化的化学反应序列制造天然产物.生物系统通过化学反应和天然砌块向目标天然产物"砌入"一组原子,这样的一组原子称为化学基元(chemoyl).化学基元组(chemome)是生物组织中所含有的化学基元的全体.化学基元组学研究各种化学基元的结构、组装与演化的基本规律.在生存压力和繁衍需求的驱动下,生物系统已经进化出有效手段来合成天然产物以应付环境的变化,并产生了丰富多彩的生物和化学多样性.近年来,人们意识到药物创新的瓶颈之一是药物筛选资源的日益枯竭.化学基元组学可以解决这个瓶颈问题,它通过揭示生物系统制备化学多样性的规律,发展仿生合成方法制备类天然化合物库(quasi natural product libraries)以供药物筛选.本文综述了化学基元组学的主要研究内容及其在药物创新各领域中的潜在应用.

关键词：化学基元组化学信息学生物信息学药物创新仿生合成

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航天新材料金属锆的压缩行为

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原子与分子物理学报 2012年第6期29卷 1069-1076页

作者：黄琳苑晓丽崔守鑫魏冬青上海交通大学生命科学与技术学院生物信息学与统计生物学系上海200240 四川大学物理系成都610064 爆炸科学与技术重点实验室北京100081 上海交通大学生命科学与技术学院航空航天新材料研究中心上海200240

在密度泛函理论的基础上,运用局域密度近似(LDA)和广义梯度近似(GGA)两种方法,并通过第一性原理等方法对锆晶体在0～50 GPa下的物理性质进行了深入、系统的研究.结果表明,相比于广义梯度近似的计算结果而言,局域密度近似的计算结果和实... 详细信息

在密度泛函理论的基础上,运用局域密度近似(LDA)和广义梯度近似(GGA)两种方法,并通过第一性原理等方法对锆晶体在0～50 GPa下的物理性质进行了深入、系统的研究.结果表明,相比于广义梯度近似的计算结果而言,局域密度近似的计算结果和实验值更接近,但两者相差不是很大.并通过经典方法对锆晶体模拟计算了高压下的结构性质,得到的结果表明,在讨论的压强范围内,晶格参数与晶胞体积发生了非线性的变化,然而晶胞能量却随压强线性变化.通过对其相应的弹性性质的分析,发现随着压强的增大,锆晶体获得较好的延展性以及力学的稳定性.同时还得到了关于金属锆的能带结构特性及其光学性质,证实压强的改变对金属锆电子性质不会带来太大影响.

关键词：锆第一性原理机械性质光学性质

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生物信息学数据仓库中语义相似性方法的应用与实现

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计算机应用研究 2004年第11期21卷 160-162页

作者：张永立张忠平曹顺良骆建华李亦学上海交通大学生命科学技术学院生物医学工程系上海200030 复旦大学计算机与信息技术系中国科学院上海生命科学研究院生物信息学中心

怎样存储海量的生物数据以及如何使得它们更为方便地被生物学家利用已成为当前生物领域亟待解决的问题。国外曾出现了诸如GenBank,Swiss Prot,KEGG等生物数据库,但是由于它们各自的数据库标准不同,这给生物学家的查询和研究工作带来极... 详细信息

怎样存储海量的生物数据以及如何使得它们更为方便地被生物学家利用已成为当前生物领域亟待解决的问题。国外曾出现了诸如GenBank,Swiss Prot,KEGG等生物数据库,但是由于它们各自的数据库标准不同,这给生物学家的查询和研究工作带来极大地不便。描述一个基于这些异构数据库的整合的数据仓库系统,并在此基础上开发了一个语义相似性查询工具,实现智能化的多重、复合和交叉检索。

关键词：生物信息学数据仓库数据库整合语义相似性

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钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析

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科学通报 2006年第9期51卷 1049-1057页

作者：孙景春徐晋麟曹建平刘琪郭晓奎石铁流李亦学上海交通大学生命科学技术学院上海200240 电子科技大学生物医学工程系成都610054 上海第二医科大学病原微生物教研室上海200025 上海生命科学院生命信息中心生物信息中心上海200031

问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病．该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础．本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端... 详细信息

问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病．该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础．本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络．对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析．除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能．这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例．

关键词：问号钩端螺旋体蛋白质相互作用网络基因融合法基因邻居法系统发生谱法操纵子法

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